同盟會成立之際，孫中山進一步豐富和發展了革命程序論的內容，並以此對參加同盟會的留日學生進行宣傳。據宋教仁日記，同盟會成立前，孫中山對湖南同誌“縱談現今大勢及革命方法，大概不外聯絡人才一義。言中國現在不必憂各國之瓜分，但憂自己之內訌。此一省欲起事，彼一省亦欲起事，不相聯絡，各自號召，終必成秦末二十餘國之爭，元末朱、陳、張、明之亂，此時各國乘而幹涉之，則中國必亡無疑矣。故現今之主義，總以互相聯絡為要”。又關注兩粵間民氣強悍，會黨充斥，對清政府的破壞能力有餘，“若現在有數十百人者出而聯絡之，主張之，一切破壞之前之建設，破壞之後之建設，種種方麵，件件事情，皆有人以任之，一旦發難，立文明之政府，天下事從此定矣”。[18]宋教仁所記雖然簡略，由內容判斷，應當也涉及革命程序論。
革命大團體組成後，實行革命的問題自然提上日程，而重要的前提條件是為革命製造輿論，以掃除思想障礙。針對一些人擔心革命的結果事與願違，“求共和而複歸專製”，《民報》第1、2號連載署名“精衛”的文章《民族的國民》，轉述孫中山關於革命程序論的主張，聲稱“足以破此疑問”。孫中山說：
革命以民權為目的，而其結果，不逮所蘄者非必本願，勢使然也。革命之誌，在獲民權，而革命之際，必重兵權，二者常相抵觸者也。使其抑兵權歟，則脆弱而不足以集事；使其抑民權歟，則正軍政府所優為者，宰製一切，無所掣肘，於軍事甚便，而民權為所掩抑，不可複伸，天下大定，欲軍政府解兵權以讓民權，不可能之事也。是故華盛頓與拿破侖，易地則皆然。……君權政權之消長，非一朝一夕之故，亦非一二人所能為也。中國革命成功之英雄，若漢高祖、唐太宗、宋太祖、明太祖之流，一丘之貉，不尋其所以致此之由，而徒斥一二人之專製。後之革命者，雖有高尚之目的，而其結果將不免仍蹈前轍，此宜早為計者也。