武昌起義爆發後，全國革命形勢迅速發展。1912年1月1日，孫中山在南京就任臨時大總統，組成了以革命黨為主體的臨時政府，這為其提供了實現《革命方略》的可能性。然而，在有利的形勢下，孫中山並未將三時期的主張付諸實施，個中原因，值得探討。
正如孫中山所說，辛亥革命前，革命黨人對於民族主義的宣傳是卓有成效、影響巨大的，它易於為不同政治態度的人所接受。相比之下，對於民權、民生主義的宣傳就顯得十分薄弱。由於汪精衛等人認為約法的條理“非可宣之報章”，1906年以後，革命黨人很少公開發表文章論及革命程序論問題，與保皇黨的論戰也不了了之。同盟會雖然接受《革命方略》，真正能夠領會其苦心孤詣的人並不普遍，包括當時在這些問題上與孫中山的觀點比較一致的胡漢民等人在內，都不能完全認識革命程序論對於保障政權由專製轉向共和的重要性。因此，當實現這一主張的客觀條件具備之時，孫中山反而陷入孤立的境地。“民國建元之初，予則極力主張施行革命方略，以達革命建設之目的，實行三民主義，而吾黨之士，多期期以為不可。經予曉喻再三，辯論再四，卒無成效，莫不以為予之理想太高”[35]，令孫中山感到心灰意冷。由於革命黨內部的反對，《革命方略》終於不能實行，孫中山後來屢屢談及此事，均深以為憾。
另一方麵，在革命的凱歌式進行之下，一批漢族官僚為了保全自己的利益，見風使舵，表麵讚成共和，一時間全國上下一片擁護共和之聲。這使得革命黨人產生了某種錯覺，似乎從此共和政體可以永固無虞。對於袁世凱這樣狡詐的軍閥官僚，孫中山雖持戒心，但是，袁氏永遠“讚成共和”的保證，又使之抱有幾分幻想，希望用一紙約法束縛住袁世凱的野心，革命程序論的軍政府與地方自治相約的約法反而不必要。因此，盡管他迫不得已辭去臨時大總統的職務，仍然對民國的前途滿懷信心。