袁世凱借民國之名行專製之實的嚴酷事實，使孫中山的滿腔熱望化為泡影，也使他從幻想中回到現實。“二次革命”失敗後，孫中山再度流亡日本，痛定思痛，他深感在中國欲建立實至名歸的共和製，必須有一個堅定服從領袖主義的組織和一套切實可行的措施。為此，他召集同誌，組織中華革命黨，在該黨黨章的總章中重新提出三個時期的劃分，標誌著孫中山革命程序論的又一變化階段。
與前此比較，中華革命黨黨章關於革命程序論的表述在形式上沒有大的變動，但有兩點重要變化值得特別注意：第一，三個時期的名稱，分別由原來的“軍法之治”、“約法之治”、“憲法之治”改為“軍政”、“訓政”和“憲政”，其中一、三期的內容變化不大，關鍵在於第二期，由“約法”到“訓政”，使原來“軍政府與人民相約”的意義消失了，變成“以文明治理，督率國民，建設地方自治”。第二，規定自起義之日至憲法頒布之時，總稱為“革命時期”，“在此時期之內，一切軍國庶政，悉歸本黨負完全責任”，而不是如《革命方略》所規定的由“軍政府”負責。
同時，該章程一麵宣稱“凡中國同胞皆有進本黨之權利義務”，一麵又將黨員分為首義黨員、協助黨員和普通黨員，在革命成功之日分別成為元勳公民、有功公民和先進公民，享有參政執政、選舉被選、選舉等不同等級的權利，而所有的非黨員在革命時期之內，“不得有公民資格。必待憲法頒布之後，始能從憲法而獲得之；憲法頒布之後，國民一律平等”。[40]這樣一來，革命黨的責任權利義務大大增強，而一般國民的地位則相對降低，在革命時期沒有公民資格，隻能成為革命黨督導的對象。這些變動和區分，引起吳稚暉等舊日同誌的懷疑和不滿，指為提倡權利；而後來也的確被國民黨加以利用，作為長期剝奪人民民主權利的借口，產生了相當消極的曆史作用。