護法運動的失敗，使孫中山更加感到實行革命程序論的重要性，幾年中他在各種場合多次闡述這一主張，總結曆史教訓。“五四”運動和國共合作後，孫中山的思想有了重大變化，但是直到逝世，都沒有放棄革命程序論。毛澤東曾經說：“軍政、訓政、憲政三個時期的劃分，原是孫中山先生說的。但孫先生在逝世前的《北上宣言》裏，就沒有講三個時期了，那裏講到中國要立即召開國民會議。可見孫先生的主張，在他自己，早就依據情勢，有了變動。”[52]或者據此認為孫中山在逝世前已經放棄了革命程序論，然而根據史料，還不能得出這樣的結論。
孫中山在逝世前幾年的一係列重要著作中，均十分強調革命程序論的重要性和必要性，認為辛亥革命失敗的重要原因，就在於沒有遵照執行。三時期“為**滌舊汙、促成新治所必要之曆程，不容一缺也。民國之所以得為民國，胥賴於此。不幸辛亥革命之役，忽視革命方略，置而不議，格而不行，於是根本錯誤，枝節橫生，民國遂無所以為進行”。[53]他發起第二次護法，隻是消極地維護民國，而堅持革命程序論才是積極地爭取真共和。
1919年10月，孫中山在上海闡述其救國方針，說：“吾人欲救民國，所可采者惟有兩途：其一，則為維持原狀，即恢複合法國會，以維持真正永久之和平也；其二，則重新開始革命事業，以求根本改革也。”[54]次年，他又指出：“救國隻有兩途，一為護法，一為革命。今言護法，南方樹幟者，已有數年，徒使岑、陸諸奸假借名義，竊取利權，國會分子，又複良莠不齊，有負人民厚望。現護法一途，已有步步荊棘之象。……欲以挽救，恐非革命無以成刷新之局。”[55]所以，當他重建護法軍政府時，就毅然宣布“護法斷斷不能解決根本問題”，“要造成真正民國，還要將辛亥革命未了的事業做個成功”。[56]而要重行革命，就必須實行革命程序論。“革命主義，必有待於革命方略，而後得以完全貫徹也。”[57]為此，他不斷強調革命程序論尤其是“訓政”的積極意義，“予之定名中華民國者，蓋欲於革命之際，在破壞時則行軍政，在建設時則行訓政。所謂訓政者，即訓練清朝之遺民，而成為民國之主人翁，以行此直接民權也。有訓政為過渡時期，則人民無程度不足之憂也”。[58]概言之，就是要“本革命之精神從事於建設”。[59]