曾國藩鎮壓反清力量心狠手辣，聲稱“書生好殺，時勢使然耳”，為此在民間落得“曾剃頭”惡名。同時，他注意籠絡民心，重視整肅軍紀。綠營兵勇**擄掠現象較普遍，故時人有“兵不畏官而畏賊，民不畏賊而畏兵”一說。鹹豐四年（1854年）初出征前，曾國藩特意叮囑塔齊布嚴行約束部下，“若有一勇不規矩、不嚴肅，吾即不願帶去”[9]。駐贛湘軍在曾氏返湘丁憂期間軍紀敗壞，民怨四起。以此為鑒，曾國藩嚴申“帶兵之道，以禁止騷擾為第一義”，“兵勇以不擾民為第一義”。鹹豐八年（1858年），他專門寫有一首淺顯通俗的《愛民歌》，講明注意事項，如規定紮營時“莫走人家取門板，莫拆民房搬磚石，莫踹禾苗壞田產，莫打民間鴨和雞，莫借民間鍋和碗”之類；強調“軍士與民如一家，千記不可欺負他。日日熟唱愛民歌，天和地和又人和”。
盡管如此，湘軍依舊無法擺脫日漸萎靡的趨勢，內部矛盾加劇，軍紀敗壞，暮氣日深，營中結拜哥老會現象迅速滋蔓，以致曾國藩時有嘩潰之虞。其機要幕僚趙烈文記述了曾國荃部湘軍攻破天京後的暴行：一是四麵放火。城中建築，“兵所焚十之七，煙起數十道屯結空中，不散如大山，紫絳色”。二是洗劫財物。悍將蕭孚泗“在偽天王府取出金銀不貲，即縱火燒屋以滅跡”，大火延燒數日不熄。各弁勇“貪掠奪，頗亂伍”，在城中大挖窖藏甚至掘墳搜金；營中文職也“無大無小爭購賊物，各貯一箱，終日交相誇示不為厭”。三是**殺戮。全城淪為人間地獄，“搜曳婦女，哀號之聲不忍聞”，“沿街死屍十之九皆老者，其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無，老者無不負傷，或十餘刀、數十刀，哀號之聲達於四遠”。連趙烈文也認為“其亂如此，可為發指”。[10]曾國荃縱兵洗劫天京城，從中所獲不菲，以致物議沸騰。而曾國藩卻辯解說：“吾弟所獲無幾，而‘老饕’之名遍天下，亦太冤矣。”[11]在這件事情上，曾國藩選擇親情，拋棄了忠義。