這場戰爭空前慘烈，造成巨大創傷，尤其是雙方激烈爭奪的地區。譬如，曾國藩同治三年（1864年）夏描述說，“皖南地介江浙，昔為群盜所必爭，今亦敗賊所圖竄。寧、池、太、廣各屬，白骨如麻，或百裏不見炊煙，竟日不逢過客，人類相食，群犬爭之”；慨歎“開辟以來，殆無此慘劫”[13]。
再如，兵燹之後，向稱繁華富庶的蘇南人口銳減，土地荒蕪，一片廢墟。毛祥麟於同治三年十月從上海赴江寧，沿途所見觸目驚心。據他描述，從上海至昆山，炊煙縷縷，時起頹垣破屋中。自昆山至蘇州，轉荒落；金門、閶門外瓦礫盈途，城中亦鮮完善。至無錫、常州、丹陽一線，蔓草荒煙，所在一律，“兩岸見難孩數千，同聲乞食”；“餘若奔牛、呂城、新豐諸鎮，向稱繁庶，今則一望平蕪，杳無人跡。偶見一二鄉人，類皆骨立聲嘶，奄奄垂斃。問之，則雲一村數百人，今十不存一矣，而又日不得食、夜不成眠，行將盡死耳”。江寧城濠兩岸鉛丸累累，沙中白骨縱橫；“城中房屋惟西南尚稱完善，然亦十去四五，東北則一覽無餘矣”；“皇城舊址**尤深，行四五裏不見一人，亦無一屋”。[14]
常熟人柯悟遲於同年三月自蘇州赴上海，沿途所見更為蕭瑟。據載，蘇州六門城外竟無片瓦留存，城中西半城亦是白地，東半城所剩十之五六分，千百年名跡盡為湮沒，笙管樓台俱為灰燼。出婁門到昆山，橋梁皆斷，屋無半椽，田盡草茜，枯骸滿目。進昆山城，荒索之象愈形觸目。柯氏還說，農田已荒蕪多年，缺農具缺人手，“今雖安逸，恐廿年間不能盡熟矣”。[15]
照柯氏推測，當地農業生產需要20年光景才能勉強恢複到戰前狀態。因人煙稀少，出現大片無主荒田，蘇南各地紛紛招客民墾荒。單就人口而論，不少地方曆經20年仍未達到戰前規模。據方誌記載，嘉定兵燹後“二十年休養，未足複生聚之舊”，人口十減其五；昆山“人民流亡者十有八九，雖休養生息二十年，尚不及從前十分之六”。[16]蘇浙太湖流域是清廷倚重的“財賦之區”，其經濟複蘇緩慢，全國財政情況可想而知。