從軍事上看，麵對缺兵這一棘手問題，鹹豐帝允許地方自行招兵買馬，結果曾國藩撇開舊體製另起爐灶，借舉辦團練之名創立湘軍。湘軍以湘鄉子弟為班底，地域化、私人化色彩甚濃，有很強的人身依附關係，打破了兵權歸中央執掌的世兵製度，開晚清兵為將有現象之先例。攻陷天京前夕，曾國藩在致朋僚信函中，多次談及自己身處輿論旋渦之困窘，稱“用事太久、兵柄過重、利權過廣，遠者震驚，近者疑忌”，“長江三千裏幾無一船不張鄙人之旗幟，外間疑鄙處兵權過重、利權過大，蓋謂四省厘金絡繹輸送，各處兵將一呼百諾，其相疑良非無因”；又謂“兩接戶部複奏之疏，皆疑弟廣攬利權，詞意頗相煎迫。自古握兵柄而兼竊利權者，無不凶於而國、害於而家。弟雖至愚，豈不知遠權避謗之道”，表示“萬一金陵克複，擬即引退，避賢者路”。[17]攻克天京後，曾國藩主動提出裁軍，除湘軍越發難以統馭的因素外，主要是為了消除清廷疑忌，作韜晦之計以求自保。
從財政上看，麵對缺餉這一棘手問題，鹹豐帝允許地方自籌軍餉。作為六部之首的戶部，其權力在戰時大為削弱。曾國藩分析說：“我清之製，一省歲入之款，報明聽候部撥，疆吏亦不得專擅。自軍興以來，各省丁、漕等款紛紛奏留供本省軍需，於是戶部之權日輕，疆臣之權日重。”[18]各省督撫紛紛開征厘金，則進一步加劇了這種現象，造成清廷財權下移。據估算，從鹹豐三年（1853年）至同治三年（1864年），全國厘金平均歲入一千萬兩白銀，合計1.1億兩。[19]但由於清廷被迫放權，厘金成為歸各省督撫自行掌控的合法、可觀的財源——厘金所入不用上交戶部；稅率多少、如何征、怎樣調撥使用也不歸戶部過問，而是每省各自為政。