說政變後康有為在日本開始撰寫其自訂年譜，大致沒有疑問。流亡海外的康、梁師徒通過報章宣揚其政治主張，披露變法和政變內幕，並且集中解釋康與變法的關係，均是在這一時期。
這期間梁啟超《戊戌政變記》先在《清議報》連載，後又匯集成冊，第一次對戊戌維新運動從整體上進行描述，建立了一個以康有為為領袖，以康氏政治活動為主線的戊戌維新運動敘述框架。其中《戊戌政變記》第一篇《變法實情》第一章《康有為向用始末》，集中說明了康有為與戊戌新政的關係；該書附錄一《改革起原》，也以康有為的事跡為線索，介紹改革的緣起。兩文均以康氏個人為主線，互為表裏，描繪出了從1895年到1898年以康有為為主的變法運動史。[22]《戊戌政變記》雖說乃梁啟超署名所寫，但其中很難說沒有康有為本人的參與。如果考慮到這種曆史背景，康有為於此時回顧自己的教育、學術和政治活動，並加以總結，也是順理成章的事情。據此可以認為，康氏此時開始撰寫年譜比乙未年有著更為合理的動機，年譜主體也當形成於這個時期。
然而，康有為自編年譜的撰寫似乎也不是一蹴而就的，寫作始於1899年初似無異議，若說定稿於這年則大有疑問。年譜在康氏生前從未刊印，稿本又多有塗改增刪處，康逝世前又添加注語，揆諸以上情形，可知年譜從初稿到定稿，經過了不斷的修訂。期間到底有過多少次增刪、修改，現在無能得出結論，但可以肯定地說，1899年以後康年譜依然處在不斷修訂之中。近年朱維錚先生在研究中提出了康氏年譜後來填補內容的情況，說明年譜的“點竄”問題已經受到學界關注。
朱維錚先生在研究康有為《我史》時認為，“這篇自述作於清光緒二十四年歲暮”，亦即1899年初；[23]同時，他又指出康氏後來對原文有“點竄”：年譜前“曾祖健昌，又名式鵬，號雲衢”，下注“誥封資政大夫、福建按察使”，朱先生即認為“非《我史》原文”。他進一步指出，所謂“誥封”，自屬朝廷追贈。但清製，追贈先人官爵，需本人官至一品，方能及於曾祖。康有為之父僅為候補知縣，祖父僅官至州學訓導，均在七品以下，“誥封”其祖或父至二品官爵，絕無可能，“而康有為中進士後僅授工部主事，七品微員，怎能追贈曾祖官爵？因此隻有一種可能，即‘丁巳複辟’時康有為被授予‘頭品頂戴’，方能依亡清例‘誥封’其曾祖”，“因知此注必為後來添注”。由於康有為在複辟失敗後所撰《康氏家廟碑》述其曾祖頗詳，而尚無此“誥封”字樣，因而添注時間或更晚。[24]朱維錚先生進一步指出：“凡熟悉康有為著作史的，幾乎無不熟知此人有‘倒填年月’的癖好，因而對他的自述，倘無佐證，都不敢輕信……”[25]可見，康年譜的成書時間確實存在很大的嫌疑。