戊戌政變後，在清廷對翁同龢的處理問題上，榮祿與剛毅的態度也是有差別的。這種差別也可間接說明他們二人在翁同龢開缺過程中所起作用並不相同。
政變發生後，在剛毅操縱下，十月二十一日清廷頒布明發上諭，指責翁氏授讀以來不稱職，使皇帝未明經史大義；甲午時利用獨對之利“信口侈陳，任意慫恿”，致使“主戰誤國”。更重要的是翁氏“今春力陳變法，密保康有為”，“更是罪無可逭”。[34]這道諭旨正是由剛毅撰擬的。據張謇當時聽到的消息，翁氏之案係“剛毅、許應騤承太後意旨，周內翁尚書於康、梁獄，故重有革職永不敘用，交地方縣官編管之諭旨”。[35]劉坤一也在致友人書中說：“康有為案中詿誤，內則有翁中堂，外則陳右帥（寶箴），是皆四海九州所共尊為山鬥，倚為柱石者，何以賢愚雜糅至此？若力保康有為以至波及，聞翁中堂造膝陳詞，亦是抑揚之語。”[36]張、劉二人對所謂翁氏薦康的說法不以為然，認為是別人乘機借康案傾陷翁氏。對此，陳夔龍回憶說：“迨八月政變，康梁獲罪，剛相時在樞府，首先奏言翁同龢曾經麵保康有為，謂其才勝臣百倍，此而不嚴懲，何以服牽連獲咎諸臣？維時上怒不測，幸榮文忠造膝婉陳，謂康梁如此橫決，恐非翁同龢所能逆料。同龢世受國恩，兩朝師傅，乞援議貴之典，罪疑惟輕。上惻然，僅傳旨交地方官嚴加管束。”[37]充分的材料和研究表明，翁氏革職事件是剛毅利用康有為在海外散布“翁同龢薦康”說造成的氛圍，乘機陷害翁同龢的結果。[38]剛毅不僅極力打擊翁氏本人，就連與翁關係密切的軍機大臣錢應溥、廖壽恒等人也屢受排擠，迫使二人先後退出了軍機處。[39]
光緒二十六年庚子（1900年）夏，慈禧在端王載漪等人慫恿下，不顧部分朝臣的反對，別有用心地“招撫”義和團，對外宣戰。他們打著“禦侮”的旗號利用義和團樸素的反帝熱情，派兵圍攻外國使館，焚燒教堂，很大程度上助長了團民中極端仇洋和盲目排外的偏**緒。這項決策中，軍機大臣剛毅與大學士徐桐等沆瀣一氣，依仗慈禧的信任，排擠包括榮祿、奕劻在內的稍明外事之員，為所欲為，致使局勢失控。載漪、徐桐等人更是趁亂羅織罪名，殺戮政敵以泄私憤。七月，吏部左侍郎許景澄、太常寺卿袁昶、兵部尚書徐用儀、內閣學士聯元、戶部尚書立山等大臣，均因反對圍攻使館和對外開戰，而被以“漢奸”、“通敵”的罪名遭到殺害。同時，慈禧又下詔處死了戊戌政變後被發配新疆的張蔭桓。立山、聯元等人死後，載漪、剛毅諸人“猶不慊，將以次盡殺異議諸臣”，長期辦理外交的總理衙門大臣廖壽恒、王文韶均幾罹不測，幸榮祿從中力保始免。[40]