戊戌四月前，張氏對康有為的政治活動予以了全力支持。當時，康、梁聯絡朝臣，在北京開保國會，宣傳變法。第一次大會借用粵東會館開會，便得到張蔭桓的允諾。保國會期間，駐日公使裕庚突然致函總理衙門，密告康氏弟子徐勤及汪康年等人與革命黨人孫中山有交通之事，康、梁聞訊驚慌失措，慌亂之中停止了開會活動。張蔭桓則利用職權將裕庚密告之事壓住不發，冒險保護康、梁等人，避免了一場大獄的發生。[106]
然而，隨著朝局的劇烈動**，張、康關係也開始出現微妙變化。先是，因中德膠州灣交涉、中俄旅大交涉以及英德續借款等問題，直接負責談判的翁同龢、張蔭桓頻遭朝野激烈的抨擊。[107]四月二十七日翁被開缺後，張蔭桓便成為眾矢之的。五月初，剛剛受到皇帝召見的康有為策動禦史楊深秀、宋伯魯參劾禮部尚書許應騤，終於引發了一場不小的政治風波。一直在幕後密切關注局勢的慈禧與光緒帝發生了激烈衝突，張蔭桓成為其中的焦點人物。
戊戌年春禮部尚書許應騤不僅反對破格召見康有為及總署代遞康氏條陳，還極力阻止康、梁開保國會。康被召見後，奉命在總理衙門章京上行走，並被授以專折奏事之權，這些格外恩遇使他深受鼓舞。五月初二日，康氏授意楊、宋糾彈許應騤“守舊迂謬，阻撓新政”，建議將許“以三四品京堂降調，退出總理衙門行走”，“解去部職，以為守舊誤國者戒”。[108]雖然奏疏中不乏對其思想守舊的抨擊，但也有挾私報複的動機。楊、宋疏上，光緒帝震怒，令許明白回奏。五月初四，許應騤在複奏中對楊、宋的指責拒不承認，並暗示康氏於幕後從中指使；進而抨擊康“少即無行，迨通籍旋裏，屢次構訟，為眾論所不容。始行晉京，意圖僥幸。終日聯絡台諫，夤緣要津，托詞西學，以聳觀聽”。“嗣又在臣省會館私行立會，聚眾至二百餘人，臣恐其滋事，複為禁止，此臣修怨於康有為之所由來也。”許氏又揭露康氏被召對後“即以大用自負，向鄉人揚言”，並稱：“今康有為逞厥橫議，廣通聲氣，襲西報之陳說，輕中朝之典章，其建言既不可行，其居心尤不可問。若非罷斥驅逐回籍，將久居總署，必刺探機密，漏言生事；長駐京邸，必勾結朋黨，快意排擠，搖惑人心，混淆國事，關係非淺。”[109]他對康的回擊也是針鋒相對，毫不示弱。沒有直接材料表明糾參許應騤幕後有張蔭桓的參與，但參許事件以及光緒帝對許的嚴厲態度，激怒了最高當權者慈禧太後。