三吳水鄉，以太湖為壑，排泄無術，輒釀巨災。考其原因，可分自然與人事兩方言之。其由自然者，上源多屬山水。
太湖蓋積十縣之水：一水自江南諸郡而下，出嶺阪重複間，當其霖潦積貯，溪間奔湍，迤邐而至長塘湖。又潤州之金壇、延陵、丹陽、丹徒諸邑，皆有山源，並匯於宜興，以入太湖。一水自杭、睦、宣、歙、山源與天目等山，眾流而下杭之臨安、餘杭，及湖之安吉、武康、長興，以入太湖。（《天下郡國利病書》卷一五引宋郟橋書）
流勢一緩，所挾泥沙，即致淤墊。
浙西及蘇、鬆諸郡，以杭、湖、宣、歙萬山之水，奔騰洶湧，盡入太湖。……山水多沙，夏秋暴漲，乘勢飄流，勢緩波平，沙因類聚，瀕湖諸泖，相繼湮蕪矣。（《明史紀事本末》卷二五《治水江南》）
加之海岸高昂，有潮泥填淤反上之患。
所謂吳淞江者，顧江自湖口距海不遠，有潮泥填淤反上之患。（《震川集》卷三《水利論》）
沙土輕浮，江海之潮，勢如傾山，一日之間，兩次潮汐。渾潮挾沙擁入，潮平沙止，泥下定。（《常熟水論》）
常易沮洳成陸。
河浦之水，皆自平原流入江海；水緩而潮急，沙隨浪湧，其勢易淤，不數年即沮洳成陸。（《明史紀事本末》卷二五《治水江南》）
自然缺陷，經人工之補救，亦能轉害而為利。錢越勤於治水，江南民生殷富，此其明征。
浙西昔有營田司，自唐至錢氏時，其來源去委，悉有堤防堰閘之製：旁分其支脈之流，不使溢聚，以為腹內畎畝之患。是以錢氏百年間，歲多豐稔，惟長興中一遭水耳。（《天下郡國利病書》卷一五引郟橋書）
故三吳水患之要因，尤在人事之不舉，凡有兩端：一為江域之被占，水道日狹，既難於宣泄，而流勢無力，複不能收汛滌潮沙之效。