誰控製了印度洋，誰就控製了東方貿易。達·伽馬和卡布拉爾的征服行動雖然取得了一些成果，但印度洋上的貿易還掌控在阿拉伯人手中，葡萄牙人當然不會就此息戰，一場決定印度洋命運的角逐徐徐拉開帷幕。
一、最終的角逐
1505年，一支強大的艦隊在特茹河口集結。艦隊司令弗朗西斯科·德·阿爾梅達（D.Francisco de Almeida，1450—1510）從國王手中接過十字旗，走在1500名全副武裝的船員和200名炮手的前頭，登上旗艦，準備開赴印度。國王給他的命令簡單明確：去征服印度洋，消滅一切反抗的敵人。在這支龐大隊伍中，有一名25歲的普通水手值得一提，他將在日後建立赫赫聲名，他就是費爾南多·麥哲倫，而這次將要經曆戰鬥洗禮的航行，將成為這位未來的航海家“必不可少的學校”。
艦隊繞過好望角後，沿著非洲東海岸航行，首先攻占了基爾瓦（Kilwa），建立要塞，又洗劫了蒙巴薩等城市。每到一處阿拉伯人的港口，炮火就是葡萄牙人的使者，一座座阿拉伯城市遭到葡萄牙人的轟擊，一艘艘的阿拉伯商船被洗劫，飄揚在印度洋沿岸的星月旗一麵接著一麵倒下。
肅清了非洲東海岸的阿拉伯勢力，阿爾梅達的艦隊到達印度，在柯欽設立了據點，成為葡萄牙重要的貿易據點和武裝基地。隨後，沿著印度馬拉巴爾海岸到阿拉伯半島，再到東非海岸，到處出沒著葡萄牙軍艦，他們張掛著十字旗，到處搶劫襲擊。
1507年，葡萄牙人將黑手伸向了印度洋沿岸的戰略要地——霍爾木茲城。這座阿拉伯城市扼守著霍爾木茲海峽，控製著波斯灣，是印度與阿拉伯地區最主要的陸海貿易中轉地。阿爾梅達的得力部下阿方索·德·阿爾布克爾克（Afonso de Albuquerque，1453—1515）嶄露頭角。阿爾布克爾克承繼了達·伽馬等人的威懾手段——屠殺。他率領艦隊封鎖霍爾木茲海峽，炮擊兩岸的村莊，將俘獲的阿拉伯人割鼻、切耳，然後強行攻占防禦薄弱的霍爾木茲城，建立了軍事要塞。葡萄牙人一躍成為波斯灣的統治者，向過往所有商船征收重稅。[20]