把中國和東南亞納入了葡萄牙海上商業帝國的鏈條後，在遠東地區的最東方，還有一個文明國家——日本置於葡萄牙人的視線之外。由於中華文明興盛較早，又處於絲綢之路的起點上，因而，歐洲人對中國的了解較多，對於日本，他們僅僅從馬可·波羅等人的描繪中略知一二。在與中國人和中國東南沿海的日本海盜的接觸中，葡萄牙人開始越來越多地了解這個古老的國度。
一、戰國時代的日本
15—16世紀的日本處於室町幕府末期的戰國混亂時代。1467年，日本發生“應仁之亂”，成為日本曆史的重要拐點，開啟了日本的戰國時代。這一事件緣於幕府將軍的嗣位問題。
1464年，幕府將軍足利義政無嗣，讓其弟、僧人足利義尋還俗，改名為足利義視，以待日後繼位。足利義視由幕府重臣細川勝元作為保護人。出乎意料的是，第二年，足利義政的妻子日野富子懷孕，生下了足利義尚。這一突發事件埋下了重大的隱患。足利義政想要反悔，立自己的兒子足利義尚為繼承人，並將他托付給另一重臣山名持豐。細川勝元和山名持豐都是實力雄厚的守護大名，兩大集團在應仁元年因嗣位問題爆發激戰。日本政治中心京都在戰火中化為焦土。此後，幕府形成了東西對峙局麵，直到1477年，才結束爭鬥。“應仁之亂”結束後，室町幕府的統一已經名存實亡。守護大名各自為政，互相爭伐，不服幕府召令。1493年又發生了“明應之變”，將軍足利義材被細川氏聯合京都勢力罷免，幕府威信喪失殆盡。
室町幕府的衰落一方麵促使了各地守護大名的紛爭與戰亂，另一方麵也大大衝擊了傳統的日本封建社會結構。日本各地興起了許多工商業城鎮，同時，作為封建體係末端的武士階層也開始瓦解，特別是在西南沿海地帶形成了一股極強的“無序力量”[18]。其中一些人從事有利可圖的海外貿易，與東南亞、中國進行商業交往；另一些人則來到中國東南沿海從事劫掠活動，形成明代最頭疼的“倭患”。