統一黨與袁世凱政府的關係問題，正如統一黨自身曆史的演變一樣，非常複雜。既往研究大都認為統一黨是擁袁派，是袁的與黨，是袁的私人黨、禦用黨，甚至認為是袁的死黨。其實，統一黨是一個較為複雜的政黨，就其發展的曆史而言，至少可以分為前、後兩個時期，而且其前期與後期有較大差別，如果籠統地下結論，並不確切。從其政治傾向與實際效果來看，大概可以說，統一黨與袁世凱政府的關係是：前期利於袁，而後期擁袁。
從中華民國聯合會成立到章太炎宣布脫黨（1912年1月3日至8月28日），這段時期的主要領袖是章太炎。章太炎首先提出“革命軍起，革命黨消”的口號，並組織中華民國聯合會與統一黨，其目的是在革命勝利後建設共和國的政治近代化過程中，建立普通政黨，以導引中國政治於政黨政治之途。其用心之良苦即如是，雖然終以失望而脫黨。從統一黨起源來看，其主要目的當是在中國實現政黨政治，也就是進行民主政治建設，而並非為了擁袁。前期統一黨是與同盟會競爭於政壇的獨立政黨。
那麽，說統一黨前期利於袁又從何談起呢？主要是因為前期統一黨為南京臨時政府及同盟會重要的持不同政見者，它們之間存在許多政見分歧，而這些分歧處又恰與袁世凱相合，無疑客觀上有利於袁世凱。
第一，反對定都南京，主張定都北京。南北議和成功，清帝退位，孫中山辭職，袁世凱被推舉為臨時大總統，就在此時發生了激烈的定都之爭。以孫中山、黃興為首的部分同盟會會員主張定都南京，孫中山辭職谘文中提出的三個條件的前兩條就特別強調這一點：臨時政府地點設於南京，新總統到南京就職。[174]章太炎則堅決主張建都北京，反對建都南京。他就此致書南京參議院，列舉建都南京有五害：