1766年1月，盧梭赴英避難，水土不服，營養不良，1766年8—10月隻以清水和麵包為食[96]，病情再度發作。根據拜訪者的描述，那時他的精神出了問題，即通常所說的被害妄想症，屬偏執型精神障礙。烏德托夫人曾是盧梭的情感寄托，《新愛洛漪絲》的寫作得益於他們的交往，盧梭去世後，她卻稱其為“有趣的瘋子”。啟蒙晚期的文人布裏索（J.-P. Brissot）提及與盧梭斷交的原因：“有二十次我想給他寫信，但沒有，我怕他懷疑我是他的敵人派來的密探。”[97]1798年，比塞特醫院的皮內爾從《懺悔錄》中發現作者的憂鬱和受迫害傾向。[98]19世紀德國萊比錫的生理學家莫比烏斯（M?bius）有一天看到研究盧梭疾病的論文，之後去翻閱《懺悔錄》，“這是一部極有吸引力的作品，讓人著迷，尤其是對心理細致而深入的描寫”，但讀完後，他對自己的結論越來越確定，“這個人是個瘋子”[99]。現代醫生艾洛敘也將這部作品視為心理學文獻，“指導精神病醫生研究體質性的被害妄想症”，福柯在《古典時代瘋狂史》中說被害妄想隱藏於文辭間；2006年，新版《盧梭研究辭典》有了結論：他為被害妄想症所困擾，他的晚期作品裏有證據。[100]
根據現代心理學和精神病學，被害妄想症源於個體心理困境或生活上的溝通障礙，患者在不知不覺中有了係統的妄想，邏輯清晰，卻違背常理。所謂妄想，病人以為對他的迫害正在或即將發生，施加迫害的人是有意的，壓抑感長期存在，難以克製，病人對社會的印象被持續性的妄想所幹擾，精神錯亂，失去對現實的感知力和控製力，與人疏遠，甚至萌生敵意。[101]在英期間，盧梭屢次控訴朋友和論敵合謀陷害他，這是被害妄想症的典型特征，患者有係統的推理，卻建立於錯誤的基礎上，將幻覺當真實。但古典時代與啟蒙時代，被害妄想的病因已然不同，從上帝附身、惡靈發難到同類相害、精神空虛。自1762年起，天主教勢力追捕盧梭，文人同儕的譏諷也未停息，伏爾泰的《公民的感想》一度是論敵詆毀盧梭的依據。1764年，巴黎又流傳著一本小冊子《日內瓦盧梭的抄襲》，指責他模仿一些不知名作家“危險大膽的矛盾風格”[102]。