進入90年代，無論是餘英時提倡的“內部研究”傳統，還是銜接列文森思想史研究框架的諸多分析派別，均處於被質疑和被批評的地位，思想史研究也呈現出了前所未有的蕭條狀態。出現這種現象的一個重要原因是：這些思想史研究幾乎無一例外地把50年代以來形成的樂觀現代化理念作為衡量近代中國思想價值的唯一標準，而不是把西方現代化道路的形成視為一種複雜多變、具有反思價值的開放式未定領域。“現代化”理論中崇尚的理性尺度一旦成為衡量思想優劣的普遍性標準，就很有可能自我封閉地成為一種意識形態霸權，思想史研究在其中的回旋空間就會顯得非常狹小和局促。所以90年代以來，中國思想史研究逐漸開始引入“現代性”反思的維度。引入這一維度的最大貢獻，就是把現代化過程看作一個具有複雜構成要素的悖論式框架，而不是一種可以普遍遵循的完美解釋體係。換言之，在90年代的思想史視野裏，“現代性”被看作一個有待完成的方案，其內部充滿了各種複雜衝突的可能性，評價現代性所依據的標準也不是已經具有封閉式的可以普遍實施的價值理念。這部分是出於哈貝馬斯等社會理論家對現代化過程可以全方位地達致樂觀結果的法定命題發生了懷疑。哈貝馬斯把“現代性”方案與現代曆史過程區別開來：現代化過程不能被看作現代性方案的完整實施，相反，這個過程包含了對“現代性”方案的歪曲、異化和壓抑。後現代的一些學者如福柯，更是揭示了在人的解放、人道主義和自由理想的許諾背後所隱藏的權力支配和不平等的壓迫關係。因此，在90年代的中國思想史研究背景中，“現代性”概念被理解為一個悖論式的言說體係。現代性本身包含了內在的張力和矛盾，這與80年代整個思想史研究完全依賴“現代主義”解釋的單調狀態已大為不同。汪暉曾經明確劃分“現代性”的反思態度與“現代化”理論迷信者的真實區別。他抨擊那些捍衛“現代化”的理論家把“現代性”與現代化過程混為一談，做出一副衛道士的樣子。他們一談“現代性”的問題，就懷疑是否要回到舊時代，回到“**”，等等，足見這些理論家不是把“現代性”看作一個包含了內在衝突的結構來反省“現代性”，而是把“現代性”當作一個整體的目標加以肯定，借以捍衛這個時代最具霸權的意識形態。[36]