前序性修注係統已如上述，今試論其中介性與終程性，並由史館修史的破壞變化，試論其影響於注院，乃至整個官修國史體製者，以見官修史的精神變動及優劣良弊。
貞觀三年（629年）閏十二月，史館由秘書省著作局移於門下省北，遷入禁中直隸於宰相，由其監修，此即禁密化成為製度化。原掌史的著作局著作郎和佐郎，從此脫離法定的史任。[109]由貞觀三年到七年，秘書省長官為魏徵，他以秘書監參預朝政而為宰相，故中書於貞觀三年置秘書內省以修五代史，而史館則移入門下，疑與徵以秘書監充相職之事有關，因史料闕如，不能得知其詳。然而起碼可知魏徵以秘書省長官充相職，遂使該省原有的前朝史和本國史修撰職權遭到剝奪，隨他入相而移入禁中，分置於中書和門下也。當時國家大修撰中，以完成五代史最為重大，國史修撰並未觸目，故魏徵仍以長官身份在中書的秘書內省監修五代史；雖至七年正拜侍中，仍舊跨省監修，以至完成。至於在門下省的史館，魏徵並未監修，而是以玄武門兵變第一功臣的左仆射房玄齡為監修。至玄齡死為止，皆其一人監修國史，似有深意焉。[110]
不論如何，就有強烈曆史意識的唐太宗立場看，魏徵原為太子李建成舊僚，曾為己之死敵，既讓他以秘書省拜相，此時是否尚宜由他直接督導所屬著作局修國史，使據實直書開國及兵變事？誠值三思。若其不便，則奪史館以歸門下省，另置秘書內省於中書，使魏徵入內監修以慰其心，又令玄齡同為總監以協助或牽製之，實為良策。再者，史館既在門下省，省長官（侍中）當時是另一建成係統的王珪，則史館當亦不便被此人監督也。作者或以小人之心度君子之腹，但史館此年重大改革，尤其魏徵在任而所屬史館被奪；既移門下省，複又不由侍中王珪以本省長官監修國史，反以與兩省無關的左仆射房玄齡監之，並另總監五代史，其巧如此，豈非可疑？初唐史曾被篡改而至隱晦，作者所疑，容或非妄。何況魏徵始終堅持“以史製君”，曾因諫納鄭氏女而警告“君舉必書，所願特留神慮”！又曾警誡太宗，說“臣聞人主位居尊極，無所忌憚，惟有國史，用為懲惡勸善。書不以實，嗣後何觀”！此對當時早已自覺當年非、而又有強烈曆史意識的太宗言，由魏征或王珪監督國史修撰，實有不便、難言之處。[111]