在文藝學學科反思之中，陳曉明也是值得關注的一位學人。在為數不多的相關文章中，陳曉明提出了頗具衝擊力的觀點。在2004年《文藝研究》組織的一組題為“當代文藝學學科反思”的文章中，陳曉明撰寫了《曆史斷裂與接軌之後：對當代文藝學的反思》[29]一文；同年，在《中國社會科學》組織的一組題為“文學理論建設與批評實踐”的筆談中[30]，陳曉明發表了《元理論的終結與批評的開始》一文。這裏主要依據他這兩篇重要文章來討論其對文學理論知識構型的反思及對文學理論合法性重構的思考。
陳曉明對文藝學學科的知識構型問題進行了非常尖銳的反思。他首先對文藝學學科狀況進行了現象描述。依其觀察，文藝學學科的知識出現了“分離”乃至“斷裂”，具體而言包括以下幾種情況。
首先，大多數其他文學學科與文藝學知識不辭而別。原來文藝學學科乃其他文學學科的基礎與前提，而今大多數文學學科已經不再理會文藝學了。不可否認，陳曉明所言的確是事實。現如今，古代文學、現當代文學幾乎不再與文藝學打交道，甚至認為文藝學學科乃“假大空”的“玄學”，寫的文章也是“言之無物”，沒有文學性。同時，也出現了很多文藝學學科的學人離開文藝學的現象，而暗度陳倉地把文藝學研究“文學史化”，比如，與現當代文學研究相差無幾。還有另一種情況則是，由於其他文學學科的研究不再理會文藝學學科了，於是文藝學學科幹脆遠離文學研究，徹底和文學研究扞格不入。
其次，文藝學學科教學與科研分離。其意是說，文藝學學科教師在課堂上給學生講授的知識與他自己在科研中所生產的知識似乎毫無關係。應該說，這種分離的確是存在的。例如，文藝學學科的教師也許會在課堂上講授文學創造的過程，可是在實際的研究中基本不涉及這一問題。再如，文藝學學科的教師可能會在課堂上討論典型、意境等概念範疇，但在個人的研究中從不與這些概念範疇打交道。事實上，對於大多數學人而言，課堂教學的知識的確無法成為其課題研究、論文寫作的“對象”。甚至學生會在學習這些“課堂知識”之後，越發失去研究文學理論的興趣。