但是，到了20世紀60年代末期這一“《經濟學筆記》先行說”遭到了挑戰。最先對此提出質疑的是日本的馬克思主義經濟學家們。他們在下麵將要提到的拉賓論文發表以前，從學理上對《手稿》和《經濟學筆記》的寫作順序以及理論層次的高低問題進行了討論。這一討論是由《第一手稿》的異化勞動理論與《穆勒評注》的視角差異問題所引起的。
一般認為，《第一手稿》的[異化勞動和私人所有]片斷中所討論的是資本和雇傭勞動之間的關係，即資本主義條件下的異化勞動；而在《穆勒評注》中，馬克思所討論的是貨幣、交換、分工等範疇，即社會交往在商品經濟條件下的異化形式。雖然兩個片斷的主題都是私人所有（Privateigentum）和異化，但它們的內涵是不同的：[異化勞動和私人所有]片斷中的私人所有主要是指資本主義的私人所有；而《穆勒評注》中的私人所有主要是指一般商品生產者的私人所有或者說“市民的私人所有”。[異化勞動和私人所有]片斷的異化是指資本主義直接生產過程中的勞動異化；而《穆勒評注》中的異化則是指商品交換中的交往異化。兩者無論在方法視角上還是在理論層次上都存在著明顯的差別。那麽，《第一手稿》與《穆勒評注》究竟孰高孰低，或者誰先誰後？這成了當時困擾日本學者的核心問題。
重田晃一很早就發現了這一問題的存在。他提出，馬克思在《穆勒評注》中已經用“私人所有—價值—貨幣”等經濟學範疇來分析“類”生活的異化形式，這一論述方式與《資本論》中馬克思以“商品—貨幣—價值”的形式分析生產關係的物象化結構基本上是一致的，而與《第一手稿》中的異化勞動理論有差別。[17]但是，他卻沒能正視這兩者之間的視角差別，而是籠統地提出兩者既是統一的，又是互補的，即《手稿》中所缺少的那些經濟學概念，譬如交換、價值、貨幣等在《穆勒評注》中得到了彌補。這是傳統教科書體係慣常的做法，即當發現馬克思本人存在著矛盾時，為了維護馬克思的真理性，往往將明顯的矛盾歸結為馬克思從兩個不同角度對某個論題所作的統一論證。