較之疑古派以科學的理性與科學的方法解構古史係統及傳統的價值體係，並由此在史學領域突出了科學的價值觀內涵，王國維更多地從事於史學本身的實證研究；同是推重科學，王國維的關注之點主要指向科學的內在價值。
疑古派主張推翻傳統的古史係統，所著重的主要是“破”，顧頡剛對此並不諱言：“我的現在的研究僅僅在破壞偽古史的係統上麵致力罷了。”[24]在存疑和“破”的旗幟下，疑古派常常過分地強調否定和解構的意義。胡適明確提倡：“寧疑古而失之，不可信古而失之。”[25]以此為原則，古史辨中的疑古，往往有時而疏。以“禹”的考辨而言，顧頡剛僅僅根據《詩經》等文獻中的某些材料，便推斷西周以前“禹”被視為神；又根據《說文》等材料，進而將“禹”歸結為某種動物。[26]盡管顧頡剛後來對自己的看法有所修正，但在古史討論初起之時提出的這些論點，對史學界已產生了相當大的影響。從某些方麵看，疑古派確乎或多或少將科學信念下的存疑與科學信念下的獨斷融合為一。
王國維已注意到疑古派側重證偽和存疑的偏向，盡管他對疑古派的懷疑態度與批評精神並不一概否定，但對其疑古之過卻提出了批評：“至於近世，乃知孔安國本《尚書》之偽，《紀年》之不可信。而疑古之過，乃並堯舜禹之人物而亦疑之，其於懷疑之態度及批評之精神不無可取，然惜於古史材料未嚐為充分之處理也。”[27]懷疑本來是為了得其真（去偽存真），但一味懷疑，卻不免會走向反麵。所以如此的原因之一，在於對材料未能全麵地把握與運用。王國維所謂對古史材料未能作充分處理，在相當程度上既是指疑古派執著於懷疑的原則，又是指疑古派僅僅停留於傳統的文獻材料，而未能對古史材料作更廣義的理解。