與嚴複相近，王國維對科學方法也予以了自覺的關注，從王國維的如下論述中，我們便不難看到這一點：“故今日所最亟者，在授世界最進步之學問之大略，使知研究之方法。”[13]這裏既表現了一種曆史緊迫感，也體現了高度的理論自覺。
對當時的中國而言，應當引入什麽樣的方法？王國維通過中西思維方式的比較，對此作了考察：“我國人之特質，實際的也，通俗的也；西洋人之特質，思辨的也，科學的也，長於抽象而精於分類。”[14]這裏所說的思辨，主要不是指形而上學的哲學思辨，而是與形式邏輯的思維方式相聯係，因此，中西思維方式上的如上差異，具體便表現為名學（邏輯）發展程度的不同：
夫戰國議論之盛不下於印度六哲學派及希臘詭辯學派之時代，然在印度則足目出而從數論、聲論之辯論中抽象之而作因明學，陳那繼之，其學遂定；希臘則有雅裏大德勒自哀利亞派詭辯學派之辯論中抽象之而作名學；而在中國，則惠施、公孫龍等所謂名家者流徒騁詭辯耳，其於辯論思想之法則固彼等之所不論而亦其所不欲論者也。故我中國有辯論而無名學。[15]
在王國維以前，嚴複已開始注意到中國人忽視形式邏輯的問題，王國維的如上看法繼嚴複之後更明確地突出了這一點。盡管斷言中國無名學似乎並不十分確切，因為事實上先秦的後期墨家已經建立了一個形式邏輯的體係，但相對於西方而言，形式邏輯在中國長期沒有得到應有的重視，這確實是無可諱言的。墨辯（後期墨家的邏輯學）在先秦以後幾乎成為絕學，便是一個明證。就此而言，王國維認為中國人短於邏輯分析，確乎觸及了中國傳統思維方式的弱點。也正是有見於此，王氏特意翻譯耶芳斯的《辯學》，在嚴複之後進一步將西方的邏輯學係統地介紹到了中國。在這方麵，王國維與嚴複表現出同樣的曆史眼光。