在留守兒童的生活中，他們的內外監護人都會負有一定的監護責任。雖然他們能夠為留守兒童提供一些社會支持，但是，麵對父母親情的相對缺失，與父母都在家的農村兒童相比，留守兒童必然麵臨著較多的壓力事件，以及由於留守帶來的種種日常煩惱。這些事件和煩惱，給他們的心理健康現狀造成了一些影響。
目前，關於“留守”給兒童帶來的消極影響常常被各類媒體報道。一些留守兒童報告說，當父母不在身邊，自己受到委屈時“不止一次想要自殺”。另一些留守兒童在父母外出後，性格變得內向孤僻。學校裏的教師也報告說留守兒童的問題行為現象較為嚴重。同時，由於父母不在身邊，留守兒童也很容易受到傷害。例如，一些媒體報道了初中留守兒童的懷孕現象。一些心理學、社會學研究者從量化的角度考查了留守兒童心理健康現狀。
黃豔蘋等（2007）在江西省對小學四年級到高中三年級的學生所做的一項調查發現，留守兒童的整體焦慮感、學習焦慮、人際焦慮、過敏傾向、衝動傾向、恐怖傾向和身體症狀等心理健康指標上的得分都與非留守兒童有顯著性差異。並且，由單親監護的留守兒童心理健康水平要好於隔代監護和同輩監護等類型的留守兒童。郝振等（2007）對7個省市的10所中小學進行的抽樣調查研究也發現，留守時間為半年以上的留守兒童，其自尊水平、內控性、情緒控製和社會適應水平都顯著小於非留守兒童。而留守時間為3個月的留守兒童，在上述心理健康指標方麵與非留守兒童沒有顯著性差異。因此，研究者提示，留守兒童開始感受到“留守”所帶來的消極影響的時刻應該是在父母外出打工半年後左右。還有的調查發現，留守兒童的自尊和歧視知覺都顯著高於非留守兒童。