民族自決權體現了人民的意誌，受到了廣泛的支持，但由於對它的理解不同，也出現了不同的解釋。認識上的差異導致了不同的效用，民族自決權在一些方麵被異化了。
（一）對民族自決權主體的消極異化
民族自決權的主體，涉及哪些人可以享有自決權的問題，目前國際法上公認的觀點是：民族自決權的主體是“人民”而不是“民族”。1952年《關於人民與民族的自決權》中，把“民族自決權”與“人民自決權”並用；1960年在《給予殖民地國家和人民獨立宣言》中單獨使用了“人民自決權”的概念；《國際人權公約》使用的也是“人民自決權”的概念。因此，從國際法看，把“人民”作為民族自決權的主體更為合適，民族自決權實質上就是人民自決權。國際人權文件對“人民”的權利和“少數民族”的權利是分別規定的。1960年的《給予殖民地國家和人民獨立宣言》第2條宣布：“所有的人民都有自決權”；第6條又規定：“任何旨在部分地或全部地分裂一個國家的團結和破壞其領土完整的企圖都是與聯合國憲章的目的和原則相違背的。”[90]1970年聯大通過的《關於各國依聯合國憲章建立友好關係及合作之國際法原則之宣言》中對自決權也有類似的規定，一些區域性的人權文件對民族自決權和少數民族的權利也是分別規定的。在這些規定中，民族自決權和少數民族的權利並不處於同等地位，這就排除了少數民族享有自決權的可能性，少數民族享有民族自治權而無民族自決權。因此，民族自決權又被稱為人民自決權。
既然民族自決權的主體是人民，就應該由國內全體人民來行使這種權利，這是民族自決權的本意，也是現代主權國家的共識。然而，就是在這一問題上，自決權的主體被消極地異化了。民族自決權的主體發生變異，一些主權國家內的少數民族從本民族的局部利益出發，在別有用心的人的煽動和支配下，竭力援引民族自決權，積極地謀求脫離母國，成立主權國家。這種異化把自治權誤解為自決權，自決權的主體被異化為國內的一些少數民族。這種異化現象，不同程度地表現在多民族的主權國家裏，如英國的北愛爾蘭要求獨立的問題，加拿大講法語的魁北克省要求獨立的問題，法國科西嘉島人的獨立問題，俄羅斯的車臣要求獨立問題，等等。這些國家內的上述少數民族都要求民族自決，實現民族獨立並升格為主權國家。在我國也存在類似的問題，民族分裂主義者打著民族自決的旗號，進行分裂活動。一些西方國家也以“民族自決權”為借口，支持上述分裂活動，這是對“民族自決權”的公然歪曲，也是對民族自決權主體的僭越。享有民族自決權的主體是作為國際法主體的一國的全體人民，享有民族自治權的是一國的少數民族，他們不是國際法的主體。人民自決是國際法上的概念，民族自治屬於國內法上的概念。因此，不論從國際法還是國內法上講，主權國家內的少數民族，通常不享有民族自決權。民族自決權屬於國家管轄事項，聯合國也一貫反對給予叛亂地區從母國脫離的權利。