民族自決權思想的出現，曾經掀起了一次又一次的民族獨立運動。但是，在當代，隨著形勢的變化，民族自決權在應用中出現的異化現象，又要求我們在理論和實踐中不斷豐富和發展其內涵。首先，民族自決權不應理解為在任何情況下，每個民族都有獨立自決的權利，更不應設想“一個民族一個國家”。民族自決權“這種政治民主要求並不就等於分離、分裂、建立小國，它隻是反對任何民族壓迫的鬥爭的徹底表現”[92]。當今世界上，存在民族問題的國家很多，假如每一個民族都要求成立單一國家，世界將發生巨大裂變。不顧曆史和條件，無限製地擴大民族自決權的使用範圍，是和自決權的本意相違背的。其次，民族自決權本身也存在著局限性，應當在實踐中不斷發展。如果把原來的理論奉為圭臬，一成不變地應用於變化多端的現實之中，難免出現偏差。因此，民族自決權的運用，必須適應變化了的現實，根據各民族的具體曆史條件，決定民族問題的解決方式。最後，在多民族國家內，處理好國家主權和民族自決權的關係。在國際層麵上，民族自決權作為處理國際關係的一個原則，應服從主權獨立和領土完整，決不應成為分裂主權國家的一種武器。國家主權具有至高無上的權威性、絕對的排他性和無可爭議的合理性，主權國家範圍內的民族無權以自決權為由否定國家主權。在國內層麵上，民族自決權主要體現為各個民族及其國家能夠自由地決定其政治地位，自由地發展其經濟、社會和文化，逐步由事實上的差別和不平等通過共同發展走向共同繁榮。
宗教信仰自由不應成為民族分離或分裂的借口，我們講宗教信仰自由，其初衷是要求遵守思想認識發展的規律和思想建設規律，不是鼓勵民族之間因教義差異而走向分離，更不讚成“一個民族一個國家”或者“一個教派一個國家”的觀點。俗話說，“一個人的美味是另一個人的毒藥”，這話變更一下，可以說：“一個時期的美味是另一個時期的毒藥”；“一個國家的美味是另一個國家的毒藥。”有人否定馬克思主義民族自決理論，否定國際社會民族自決方麵的規則，實際上是脫離實際的觀察方法，錯漏之處也是難以避免的。宗教信仰自由不能與民族主義畫等號，宗教活動不能與民族分裂畫等號。一些民族主義要求重新改變疆界，重新界定政治權力，重新規劃已獲解決的問題，事實上在國家問題上、在民族關係上別有用心。在民族混居地區，民族主義常常成為巨大的地區動**根源，多民族混居的國家和地區，對民族主義思想傳播的危險性感觸尤其深刻。一些有識人士認為，根據民族來建立新國家的主張是不折不扣的烏托邦想象，這樣的主張會動搖現代國家的秩序基礎。