在前麵的章節中我們已經看到，基於文化框架的認知與個體的或小集體的認知，不論是在性質還是在規模和作用範圍等方麵，都有著顯著的差異。但是盡管如此，它們兩者在某些形式和機製方麵，又存在驚人的相似性！這既是大千世界奇妙性之使然，也是複雜現象背後的簡單性之使然。如果我們能從本體論、方法論的角度弄清這一點，對於我們充分認識文化認知現象是大有裨益的。為此，本著“工欲善其事，必先利其器”的想法，在充分的研究展開之前，有必要再從相似的角度先討論一下一般方法特別是類比研究方法及其本體論基礎諸議題。首先，我將從“精神胚胎學”有關相似性的論述出發，結合皮亞傑關於兒童認知發展與人類科學思想之間相互平行的研究成果，著重從發生學的角度探討人類個體（心理、意識）與人類種係（思想、精神）之間的相似性、同構性、重演性等特性，以說明類比性研究、相似性分析在科學哲學研究中的作用及其範圍。並在此基礎上，從本體論和方法論的高度分析和回答自然界為什麽在不同的層級或層麵上呈現出廣泛的相似性，係統二分、對偶是否是大千世界的基本構型，不對稱性是否比對稱性更為基本，為什麽從相似性中能夠發現事物之間的本質聯係，類比、隱喻等能夠成為與實驗方法和數學方法並駕齊驅的科學方法嗎等問題，以便為進一步的探討提供方法論的“利器”。