由於波隆那大學的法學教師均為波隆那公民（這也是取得法學教師資格的一個必要前提），享有波隆那市民所享有的權利和保護，因而在波隆那大學並不存在勢力強大的教師行會，所以學生自治便成為波隆那大學的典型特征。波隆那大學學生自治的形成有三方麵原因。首先，波隆那大學學生都是年齡較大並且具有一定社會生活經驗的人，他們具有極強的自治能力，這為實現自治提供了條件；其次，波隆那作為13世紀典型的工商業城邦，其世俗因素要遠遠強於教會力量，因此和巴黎大學學生享有教會保護不一樣，波隆那大學的學生必須尋求自我保護，以處理和市民社會之間的衝突；最後，波隆那大學的學生自治與學生對公民權的追求有著很大的關係。道森認為，這時期的波隆那大學“像城市公社一樣，是以共同誓約的道德關係與法律關係為基礎的學生公社”[64]。公民權作為公社的主要體現自然成為波隆那學生追求的目標。對此，拉什代爾（Rashdall）曾有過精辟的論述。他認為：“學生的大學代表了這類人的這麽一種努力，即為自己締造一種人為的公民權，以代替他們在追求知識或進步的時候暫時的公民權。並且，一個Studium（學府）對它所在城市的商業事務的極大重要性，可以解釋自治城市為什麽最終樂於承認學生大學，盡管這種讓步並不是沒有經過一場鬥爭的。”[65]
誠如拉什代爾所言，波隆那大學的自治同巴黎大學一樣是與市民社會鬥爭的結果，鬥爭的焦點集中在法律教師資格的取得之上。早在12世紀上半葉，民法博士已享有特別的聲譽，拉什代爾對此曾寫道：“或許在整個教育史上，至今還沒有哪位教師在社會階層中獲得的地位像波隆那的早期博士那樣高。”[66]鑒於法學教師的這種崇高威望，波隆那市政府開始介入波隆那大學的辦學。柯勒在《教育思想史》（A History of Educational Thought）中指出：“早在1180年便出現了通過合同聘請教師，付給薪水的現象”，據統計，一個世紀後，“在波隆那大學有23名法學博士，除1名由大學自己任命外，其餘22名全為政府的公證人。從此城市自治政府逐步攫取了學生行會的權力”。城市自治政府的這種幹預發展成為“工資高的教職被限定隻能由波隆那市民擔任”[67]。實際上波隆那的市民資格成為獲得法律教席的必備條件。這對那些從意大利之外慕名而來的學生加入法律教師隊伍的夢想無疑是一個沉重的打擊。盡管早在1158年，皇帝弗雷德裏希·巴巴羅薩（Emperor Fredrick Barbarossa）曾頒布敕令（這道敕令有時被錯誤地認為是波隆那大學建立的標誌），規定“把法律上的特殊地位授予倫巴第王國的所有學生：就法律的程序來說，允許學生有選擇的權力”[68]。但這一規定僅僅是保證了學生學習的權利而已，對於那些非波隆那籍的學生來說，其出路隻有一條，即離開波隆那。1216年市政府的一條規定激起了外來學生出走的決心，政府規定學生必須宣誓效忠於波隆那市而非各自的國家；同時市政府還製定法令禁止法律學生離開波隆那市。這直接引發了1217—1220年波隆那大學的解散。這一方麵為許多以波隆那大學為模式的新型大學在意大利其他地方的建立提供了機會，更重要的是為教會介入波隆那大學事務提供了契機。當時教皇洪諾留斯三世在1217年5月27日公開表示支持學生離開。到1219年時，教會介入程度加深，教皇洪諾留斯宣布以後法學博士行會的承認必須經過波隆那副主教的同意，這實際上增強了波隆那大學與世俗政權抗衡的實力。教會的認可同時為波隆那大學帶來了許多超越於世俗社會的特權。1291年，教皇尼古拉斯四世（Pope Nicholas Ⅳ）宣布“在波隆那獲取的民法或教會法學位在其他任何地方也同樣適用”[69]。這項規定在1309年由教皇克萊門特（Clement Ⅳ）重新加以確認。教會的這一係列規定無疑保障了波隆那大學自治的最終確立，但同時也使波隆那大學陷入市民社會、教會和大學內部三者之間的互相牽製之中，這種多因素製約為波隆那大學自治在14世紀的衰微埋下了伏筆。