經院哲學在經曆了唯名與唯實不同流派和理性與信仰不同觀點的整合與碰撞之後，到托馬斯·阿奎那那裏實現了不同觀點之間的和諧與統一，從而最終構建起完整的經院哲學體係，達到經院哲學發展的頂峰。但同時這也孕育著經院哲學的衰落。現代學界一般將經院哲學等同於煩瑣哲學，在爭論問題上的無聊與瑣碎往往是現代學界對它加以討伐的主要之處。對此，索爾茲伯裏的約翰在總結經院哲學對共相性質問題的討論時也說道：“解決這一問題的路途如此漫長，連世界在此過程中也將變得古老，花費在這一問題上的時間比愷撒征服世界的時間還要長。”他說這場爭論往往陷入咬文嚼字的無謂之爭；他發現巴黎的學者們在20年間爭論同樣的問題，說同樣的話，他們沒學到什麽新東西，也不教人以新東西。[109]這些無疑是中世紀經院哲學之所以受到批判的痼疾所在。但從另外一個角度講，在整個經院哲學討論中，盡管權威仍然占據主導地位，而理性主義的興起以及由此而產生出來的對權威的批判精神卻更令人欣喜。這種理性精神的出現，一方麵為人主體性的張揚，為人性從神性中解脫出來奠定了基礎；另一方麵又為後來對真理問題客觀性的探討提供了思想武器，成為後世自然科學內在的精神邏輯。同樣，在唯名與唯實之爭中所體現出來的方法論和樸素唯物思想的萌芽又未嚐不使後世思想受益匪淺。曆史尤其是思想史的發展從來不會存在斷裂，也許其表現形式各有異同，但前一段對後一時期的奠基是不可否認的。因此從這個意義上講，中世紀經院哲學盡管有許多不盡如人意之處，但它對後世學術思想的奠基性影響則是巨大的，是滲透於學術思想內在精髓的繼承性影響。經院哲學的研究在此意義上也成為學術思想史研究的一個不可逾越的階段。