培根在大力提倡科學知識的同時，開展了對經院哲學和諸“假象”的批判。他認為，為了獲得真正的而又富有成果的知識，需要做到兩件事，即擺脫成見的束縛和采取正確的探索方法。培根稱前一件事為“偉大的複興”的“破壞部分”，而把後一件事稱為“建設部分”。他認為，隻有經過“破壞”，“刷洗、打掃和鏟除了心的地麵”，即先為人心做好準備，才能使人理解正確的方法。
一、對經院哲學的批判
培根指出，造成歐洲學術界的落後狀況和不務實弊端的根源，在於指導人們從事科學知識研究的理論和方法——經院哲學那裏。他認為，“就現在情況而論，由於有了經院學者們的總結和體係，就使得關於自然的談論更為困難和更多危險”[22]。他指責經院哲學與其說是用無數的文章增加了科學的力量，不如說是摧毀了科學。在他看來，經院哲學的弊端主要表現在以下幾個方麵：
①經院哲學是僵死的神學體係，以神學為其探討對象，而不是以自然界和現實生活為其研究對象。因為它“深怕在對於自然的研究中會找到某種東西來推翻或者至少動搖宗教的權威”[23]。經院哲學把知識隻當作教條和偶像來崇拜，要求人們嚴格尊奉教條的觀念行事，不許有半點逾越。培根深刻認識到神學與科學是完全對立的，他嚴厲地批判了經院哲學壓抑科學使之屈服於信仰和教會的權威，把科學和哲學變成了神學的侍女。
②培根揭露了經院哲學脫離自然、脫離實際生活的抽象思辨的性質。他指出，經院哲學家們“不但身子被關在僧院和學院中，而且智慧也封閉在少數幾個作者的洞穴中。尤其對亞裏士多德頂禮膜拜。這樣一來，他們對自然史和人類史知之甚少，隻能憑著為數不多的材料和極度的智慧活動來織就那些表現在他們的書籍中的煩難的學問之網”[24]。在培根看來，這些學問之網看似精致細膩，可是風一吹就破裂了。他認為，這種閉目塞聽、隻憑主觀臆想的理論對人的實際生活毫無用處。它不能幫助人們認識自然、發現真理，而隻會玩弄抽象的文字遊戲。