在宗教改革中，路德的宗教改革總是行走在超道德主義的懸崖陡壁上，更不必說反唯名論的了，而加爾文的宗教改革總是陷入一種相反的新道德主義和新律法主義的危險，這是宗教改革所麵臨問題的複雜性的一個標誌。清教主義可以被當作曆史對這種危險的一種妥協。宗教改革思想沒有能力在斯庫拉[7]和卡律布狄斯[8]這兩種危險中安然航行，因此在處理這個宗教改革涉及的最終問題時，宗教改革思想一定會使我們感到膽怯和變得非常謹慎。要想公正地區別曆史上的善與惡，以及處理在曆史中行善的義務和可能性問題，絕非易事；要將所有這些相對的判斷和成就歸結為福音所宣稱的生命與曆史的終極真理也不容易。每一嚐試的努力都會陷入關於《聖經》信仰的整個悖論式的觀念：一方麵是曆史的特征和意義；另一方麵是曆史意義之完成僅在於上帝的審判與仁慈。
當加爾文麵對羅馬的教義時，他對宗教改革思想的闡述幾乎很難與路德的立場相區別。他堅持說：“從神學正義的眼光來看，虔誠者的每一行為都值得譴責。”他認為，“這就是我們在與羅馬天主教徒的每一場爭論中都出現的重要問題”，因為，“我們與那些比較聰明的神學家的每一場爭論都與公義的開端有關”；但是天主教相信，“人一旦通過信仰基督而與上帝調和，那麽他就會把自己的善行解釋為上帝那樣的公義，把這種功德當作他接受上帝的原因”，而“主正好相反，宣稱這種信仰是亞伯拉罕式的公義”［46］。
他相信，“獲得再生的人仍舊有罪惡的源泉，會不斷地產生違反常性的欲望。……聖徒身上仍然存在著罪惡，直至他們擺脫肉體”［47］。下麵這段話可能是他對成全和罪惡的最深刻的洞察：“當我們把聖徒的美德稱作完善的時候，我們認為這種完善在於承認自己在真理和謙卑兩方麵的不完善。”［48］