中華人民共和國成立後，我國高等教育事業處於百廢待興的狀態，高等教育發展模式的轉型和高等教育的大規模調整對彼時的高等教育理論研究及高等教育學學科思想的萌芽產生了重要影響。以1966年“**”的開始為分界線，我們將高等教育學的萌芽階段分為兩個子階段。第一子階段為1949年至1966年上半年，中華人民共和國成立初期，還沒有係統形成高等教育學的學科概念，翻譯和介紹蘇聯高等教育經驗成為高等教育理論研究的重點，同時，不少高校的教師、幹部對高等教育事業發展中的一些問題進行了研究與爭論，對高等教育理論的探索、對高等教育學學科創建的理論研究在曲折中前進。第二子階段為1966年下半年至1976年，即“**”時期，這一時期的高等教育事業遭到破壞，高等教育理論研究停滯，高等教育學的創建遭遇嚴重困難。