對高等教育學學科若幹理論問題的探討起始於20世紀80年代中後期，但直到1992年以後才真正受到重視。全國高等教育學研究會的成立對這一課題的研究起到了直接的推動作用。該研究會的前三次研討會都是以學科建設為主題，廣泛交流了高等教育學的基本理論和學科建設的觀點，取得了許多重要成果。雖然1997年召開的第四屆學術研討會決定把“高等教育學學科理論體係問題的探討暫時放一放”,把高等教育理論研究的重點轉移到“高等教育理論研究如何更好地為高等教育發展與改革實踐服務”的問題上①,但此後幾年，對高等教育學學科建設有關理論的研究並未中斷，仍然不斷有各種成果問世。以下對近年來高等教育學學科若幹理論問題的研究進行簡要綜述。
一、高等教育學的研究對象問題
關於高等教育學的研究對象問題，在高等教育學學科創建後始終是一個熱點問題。在21世紀，研究者對高等教育學的對象問題，或承續前人的觀點或提出新的觀點，對這一問題的清晰化有所幫助。
(一)承續前人的觀點
21世紀初，高等教育學研究者首先繼承了20世紀八九十年代的觀點，研究者的觀點包括潘懋元的“本科教育說”,以及在隨後的學科發展中逐漸形成的“特殊規律說”“三層次說”“現象說”"多維理解說”等觀點，具體已在緒論部分有所論述。這些觀點主要從高等教育的基礎性、特殊性以及應用性、目的性、層次性等角度出發，力圖明確高等教育學與其他教育學分支學科的區別。
(二)提出新的觀點
一些研究者從複雜性科學出發，提出高等教育學的獨特研究對象是作為一個係統的高等教育②;有研究者依照華東師範大學教授葉瀾關於教育學研究對象的分類，將高等教育活動型、觀念型、反思型三種存在作為高等教育學的研究對象③;有研究者在肯定前期探尋高等教育發展規律為研究對象的觀點的基礎上，細化規律的內涵為既指高等教育的內外部各因素之間關係的研究，也指高等教育學與其他學科之間的關係探討①;有研究者將高等教育活動和高等教育與周邊領域的關係作為高等教育學的研究對象。②無論研究者是承續前人的觀點還是提出新的觀點，均認識到正是因為高等教育學研究對象的獨特性，決定了高等教育學作為一門獨立學科的存在。研究者雖視角不同，觀點各異，但都充實了高等教育學學科研究對象的觀點。這也需要我們不斷地思考和整合，以此彰顯和發展高等教育學作為一門學科的獨特性和科學性。③