1992年後，高等教育哲學、高等教育社會學、高等教育政治學、高等專科教育學等新的高等教育學分支學科得以創建。同時，已經建立的各分支學科也得到了不同程度的發展，這些學科都出版了新的係統性著作。截至目前，高等教育學分支學科共有18個，包括：高等教育哲學、高等教育史、比較高等教育學、大學德育論、大學課程與教學論、高等教育心理學(包括大學教育心理學、高等學校心理學、大學生心理學等)、高等教育結構學、高等教育經濟學、高等教育管理學(包括高等學校管理學)、高等教育評價學、高等教育社會學、高等教育政治學、高等工程教育學、高等師範教育學、成人高等教育學、高等職業教育學、高等專科教育學、研究生教育學。
由於分支學科眾多，以下隻對1992年以來高等教育史、高等教育管理學、比較高等教育學、大學課程與教學論、高等工程教育學、大學德育論、高等教育經濟學等主要分支學科的發展情況分別進行簡要論述。剩餘學科以表格形式呈現其主要著作。
一、發展階段高等教育史學科建設
高等教育史學科自20世紀80年代創建以來，至1992年，學科建設工作進展緩慢，學科專著寥寥。在高等教育學的發展階段，高等教育史學科在一批學者的努力下，逐步發展，研究領域不斷拓展，研究成果有較大增長，學科建設工作取得進展。
(一)高等教育史的學科理論研究取得進展
潘懋元對高等教育理論和高等教育史的關係進行了論述，指出，高等教育理論與高等教育史的關係可以概括為“論從史出”,高等教育實踐與高等教育史的關係可以歸結為“鑒古知今”或“古為今用”。開展高等教育史的學習和研究，不僅能深化高等教育理論，而且能為高等教育改革現實服務，並進一步促使高等教育學學科的完善和成熟。①高等教育理論建設，有賴於高等教育史研究的支持。高等教育學學科建設，急需高等教育理論工作者和高等教育史研究工作者的合作。②