但是，黑格爾反思的、概念形態的辯證法同樣包含著十分重大的理論局限。正是這種局限性，使得超越概念辯證法，為辯證法重新奠基成為馬克思所麵臨的曆史性課題。
概念辯證法最根本的理論局限性就在於：它仍然沒有從根本上擺脫傳統形而上學的理論範式及窠臼，仍然把一個超感性的、永恒在場的理性世界作為自己的理論根基，這使得它與傳統形而上學一樣，仍然表現出深深的“斷言的天真”“反思的天真”和“概念的天真”[39]。這就使得“概念辯證法”內在地蘊含著“反辯證法”的因子，從而導致其辯證精神最終難以貫徹到底。
作為辯證法大師，黑格爾概念辯證法的基本動機在於克服概念的凝固性和僵化性，使概念流動起來，以去除傳統形而上學實體本體論之弊。但是，正如馬克思所評價的：黑格爾不過是以一種新的方式“複辟”了傳統形而上學，其理論觀點仍然籠罩在傳統形而上學的巨大的陰影之下，仍以一種特殊的方式在傳統形而上學的理論範式之內流連。我們在前麵已詳細分析過，傳統形而上學的理論範式與辯證法是不可能相容的，即使在一定程度內能容納辯證法的因素和成分，也將不可避免地使辯證法的理論精神窒息。因此，在以黑格爾為代表的概念辯證法那裏，事實上有兩種相互對立的理論範式極不和諧地“共存”著：一種是充滿革命性和批判性的，意在突破傳統形而上學理論範式的辯證法；另一種便是追求抽象同一性的、永恒在場的絕對真理的、保守的傳統形而上學。兩種在本性上相互衝突和對立的因素的並存，必然使概念辯證法陷入難以克服的理論悖論，最終導致辯證法遭受扭曲，甚至蘊含著使辯證法半途而廢的潛在危險。
概念辯證法的本意在於通過對概念辯證本性的揭示，使“本體”成為一個自我矛盾、自我否定和自我超越的“精神活動性”，以此克服實體化本體的凝固性和絕對性，從而改造傳統形而上學被凝固、僵化地理解的“本體論”。但當它這樣做時，與傳統形而上學一樣，它仍然把“本體”理解為一個抽象的概念王國，一個單向度的共相世界，一個“陰影的王國”。這一點使得它與傳統實體本體論形而上學一樣，最終將導致現實生活世界的抽象、分裂和瓦解。應承認，對概念辯證本性的闡發，克服實體化本體的凝固性和僵化性，這的確有其高明之處。然而，它所理解的“本體”仍然是一個先驗的概念和思辨世界，概念和共相被視為現實生活世界的“通用貨幣”，以及現實生活世界的本質、核心和根本，主宰著現實生活世界，現實世界由此生活於概念王國的陰影之中，並成了概念世界不真的“假象”。就此而言，概念辯證法與傳統實體本體論形而上學實質上又屬於同一個陣營，即都是為了建構一個“純粹”的、“本質”的、理性化的“水晶宮”，而不惜蒸餾、過濾和犧牲掉現實生活本來極為矛盾、多向和豐富的內容。