改革開放以來，隨著我國馬克思哲學研究的深入，一些學者逐漸意識到了上述“自然主義範式”對辯證法根基和載體的理解蘊含著重大理論困境。為了克服辯證法的無根性及由此所造成的辯證法的合法性危機，許多學者提出了另一種替代方案，那就是以“認識論範式”取代“自然主義範式”，從一個新的理論視域出發，為辯證法重新奠基。
與“自然主義範式”相比，“認識論範式”最為根本的特點是抓住了“思維與存在”這一哲學的“基本問題”。它認為，哲學世界觀的根本矛盾就是思維與存在的矛盾，思維與存在這兩個係列的規律在本質上是同一的，但是在表現上是不同的，思維必須以感性為中介，通過概念的邏輯運動來表達存在的運動規律，以及思維與存在的統一，這並不是思想內容與對象本質的直接符合，而是思維在概念運動和概念發展中所實現的矛盾的統一、矛盾運動過程中的統一。因此，辯證法的本質就表現在反思概念、範疇、命題和由它們的邏輯聯結所構成的諸種理論體係能否及怎樣表述經驗對象的本質和規律的問題，所謂辯證法的規律，也就是為了解決思維與存在、主觀認識與客觀存在的矛盾，使思維與存在能夠達成一致的規律。從此出發，辯證規律實質上就是主觀思想如何正確認識客觀存在的認識規律，即思維與存在相互關係的規律，而非純粹的客觀存在的規律。簡單地說，辯證法所追求的就是“合主客”“合內外”為一體的認識規律。
很顯然，按照這種理解，辯證法的真實根基和載體再也不是自在的、與人的主觀思維無關的客觀世界，而是處於思維與存在的關係之中、具有辯證活動能力的“思維”及其活動性內容。辯證法所要處理的矛盾不是與主觀思維無關的客觀世界的“矛盾”運動，而是思維與存在這兩個係列之間的矛盾，即探討思維如何發揮自己的能動性，以實現與存在的統一，以及和解；辯證法的使命不是解決自在的客觀世界如何存在（這是實證科學的任務），而是解決認識論的基本問題即思維與存在的統一問題，“隻有在對思維和存在的關係的肯定理解中同時包含否定的理解，把思維和存在的統一理解為‘不斷的運動’過程，才能構成辯證法的理論思維方式”[6]。而在思維與存在的矛盾關係中，思維是具有能動性和超越性的一方，或者說，思維是具有辯證活動能力的一方。發揮思維的這種辯證活動能力，以一種自為的方式超越思維與存在的對立，去把握客觀的、自在的存在，從而實現思維與存在這一基本矛盾的否定性統一，構成了思維辯證活動的基本原則，也構成其基本使命。從這種理解出發，處於思維與存在的關係之中，具有辯證活動性的“思維”於是成了辯證法的理論基礎。