有關惠棟與戴震的學術思想關係問題，現代學術界主要有兩種不同的意見。其一是以錢穆、李開等人為代表的主流觀點，他們認為，戴震在35歲那年見到惠棟之後，學術與思想發生了重大變化。其二是以許蘇民與筆者本人為代表的新觀點，不同意錢、李等人的說法。在我們看來，惠棟對戴震的思想、學術影響並不像錢穆與李開說的那麽大，隻是戴震的學術視野擴大了，並獲得了一個重要的學術同盟軍。見了惠棟之後，吳派自是吳派，皖派還自是皖派。[24]
（一）錢穆論惠棟與戴震的關係
錢穆在《中國近三百年學術史》第八章“戴東原”條中，高度評價了惠棟對乾嘉學術的影響。他認為，惠棟之學“尊古而信漢，最深者在《易》”[25]。惠棟發揮其祖父惠周惕、其父惠士奇之漢易學思想，使得“漢學之絕者千五百年，至是而粲然複章”[26]。惠棟“守古訓，尊師傳，守家法，而漢學之壁壘遂定。其弟子同縣餘蕭客、江聲諸人先後羽翼之，流風所被，海內人士無不重通經，通經無不知信古，其端自惠氏發之，而於是有‘蘇州學派’之稱”[27]。
錢穆認為：“戴學從尊宋述朱起腳，而惠學則自反宋複古而來。”[28]他將以惠棟為代表的“吳派”學術淵源追溯到浙西與浙東兩派，認為惠棟既繼承了顧炎武“通經則先識字，識字則先考音”之學，“以經學之訓詁破宋明之語錄，其風流被三吳，是即吳學之遠源也”。[29]浙東舊學，陽明精神尚在，通過黃梨洲兄弟駁《易圖》、陳乾初疑《大學》，再到毛奇齡盛推《大學古本》、再到閻若璩辨《古文尚書》等一係列的學術活動，其結果“與亭林有殊途同歸之巧，使學者曉然於古經籍之與宋學，未必為一物”[30]。“清初諸老，尚途轍各殊，不數十年，至蘇州惠氏出，而懷疑之精神變為篤信，辨偽之工夫轉向求真，其還歸漢儒者，乃自蔑棄唐宋而然。故以徽學與吳學較，則吳學實為急進，為趨新，走先一步，帶有革命之氣度；而徽學以地僻風淳，大體仍襲東林遺緒，初誌尚在闡宋，尚在述朱，並不如吳學高瞻遠矚，劃分漢、宋，若冀、越之不同道也。”[31]錢穆為了證明以惠棟為代表的吳派具有急進的反宋學主張，轉引了他人記載惠棟評《毛詩注疏》中的一句話：“棟則以為宋儒之禍，甚於秦灰。”[32]由此奠定了惠棟反宋學的開山者的位置，從而將戴震看作聞惠棟之風而後起者。他說：“蓋乾、嘉以往詆宋之風，自東原起而愈甚，而東原論學之尊漢抑宋，則實有聞於蘇州惠氏之風而起也。”[33]