乾嘉學者闡發哲學思想，往往通過訓詁的方式，以實證的方法追求一種理想中的客觀之意。阮元通過訓詁的方式，對原始儒家的“仁學”思想，以及宋明以來詳細而熱烈討論過的“性命”思想，給出了他自己的新解釋。
阮元將“仁學”看作孔子的核心思想，如他說：“孔子為百世師，孔子之言著於《論語》為多。《論語》言五常之事詳矣，惟論‘仁’者凡五十有八章，‘仁’字之見於《論語》者凡百有五，為尤詳。若於聖門最詳切之事論之，尚不得其傳而失其旨，又何暇別取《論語》所無之字標而論之邪？”[212]問題是，在《〈論語〉論“仁”論》長文裏，阮元幾乎是通過資料長編的方式，將《論語》涉及“仁”字的資料集中在一起，同時又引證其他文獻，以證明孔子的“仁學”思想是他阮元所理解的那樣：“相人偶為仁”之意。因此，阮元的“仁學”思想並不就是孔子“仁學”思想的原意。在筆者看來，阮元運用訓詁的方式對孔子“仁學”的思想所做出的解釋，在相當大的程度上其實表達了阮元本人的“仁學”思想。然而，由於阮元的“新仁學”思想是建立在文字訓詁基礎之上的，以一種貌似客觀的麵目掩蓋了其新思想的光芒。這一含蓄的新思想與其作為三朝大吏的身份極其吻合。如果不理解他通過語言學的方法進行哲學思考的思想特征，下列有關“仁”“己與私”的論述與辨別就很難被看作一種哲學的論述。
他為了證明他的“仁，即相人偶”的新仁學觀點，以訓詁的方式引證了大量的語言學文獻：
許叔重《說文解字》：“仁，親也。從人二。”段若膺大令《注》曰：“見部曰：‘親者，密至也。’會意。”《中庸》曰：“仁者，人也。”注：“人也，讀如相人偶之人，以人意相存問之言。”大射儀：“揖以耦。”注：“言以者，耦之事成於此意相人耦也。”《聘禮》：“每曲揖。”注：“以人相人耦為敬也。”《公食大夫禮》：“賓入三揖。”注：“相人耦。”《詩·匪風》箋雲：“人偶能烹魚者。人偶能輔周道治民者。”……以上諸義，是古所謂人耦，猶言爾我親愛之辭。獨則無耦，耦則相親，故其字從人二。[213]