自然科學本身需要對科學預設和科學界限等做出反思。本質上看，大陸傳統中的科學是一個廣義概念，如德語中“科學”（Wissenschaft）一詞的詞根正是“知識”（Wissen）。我們目前所指的科學概念，是在近代各門自然科學及其在經濟與技術的運用中形成的。古希臘時期的哲學與科學並不能區分，哲學包含了科學，指的是各種理論知識。康德認為“每一種學問，如其按照一定原則建立了一個完整的知識係統的話，都可以被稱之為科學”[31]。海德格爾則認為就科學本性而言，沒有任何優於其他領域的東西，自然與曆史一樣，並不具備任何優先性。數學知識的精確性也不意味著它具有比其他學科更高的嚴格性。科學與世界之間的關聯促使科學去尋找它們自身的存在，同時使存在者按照其自身的存在方式成為研究與論證的對象。據此，科學研究就是對存在本質的尋求。[32]由此，海德格爾基於本體論的維度，認為對存在所做的思考的優先性，高於任何認識論與方法論基礎的反思，從而使詮釋學上升到本體論的高度。
伽達默爾秉承了海德格爾對詮釋學的本體論規定並且使得先前作為精神科學獨立的方法論基礎的詮釋學，開始介入到科學的研究和理解中。伽達默爾對詮釋學普遍性的分析恰恰道明，詮釋學絕不應局限於審美意識與曆史意識的反思中，而是應該能夠提供一種彌補基礎理論缺憾並能夠處理當代科學與技術應用問題的方法。通過詮釋學的反思，不僅能夠獲得與知識相攜的研究興趣，亦可獲得人們對阻礙研究的習慣與偏見得到自明性的把握。詮釋學反思的普遍存在，不隻是通過社會批判揭露意識形態這樣特殊的問題，還涉及科學方法論的自我啟蒙，詮釋學包含了理解、解釋與應用的統一。