即使沒有紳士階層的有意抵製，單一的保甲製度也不能滲透到農耕時代的鄉村社會中。在自然經濟條件下，中國鄉村社會呈現著高度分散居聚和閉守隔絕的狀況。許多地區鄉村的自然單位甚小，根本無法按照十進製的保甲係統統一地“整合”起來。如鄉寧縣，“統計合境多至千村，而百家之聚，十無一二，數十家之聚，十無五六，或十數家，或數家，竟有一二家為一村者。”①在臨縣，民戶與村莊之比竟為4:1,“……按籍而稽僅得三萬四千二百三十三戶，每戶丁壯不過一人，而村莊已占一千一百九十九。若不問丁戶，而但言村落，鮮有不驚為繁劇者。蓋山僻之區，業農為本，凡有可耕之地，隨在營窟而居，以便耕鑿而謀衣食，故所謂十家村者實居多數，通邑足百戶者，除城而外，不過數村而已”②。因此，在大多數地區，數百戶以上的大村，或百數戶的中村所占比例甚小。
麵對“散居之戶不成村鎮者，難以曆舉”④的現實，清王朝一意推行的保甲製度在高度分散的鄉村社會中，事實上很難步調一致地貫徹下去。這不能不導致保甲製度在一些地區類同虛設，“甚至戶絕則本甲受其困，甲絕則本裏被其殃”⑤。因此，甲村不合，人村分離的情況多有存在。如雄縣，“今則生齒日繁，遷徙靡定，往往一村而分隸數社，且有社甲係本境，而其人久徙他境者”①。再如邯鄲，“近乃有社名在東而地在西者，社名在北而地在南者，由是竄社跳甲弊端以起，非立法之意矣”②。
在複雜多樣的鄉村社會實際的製約下，任何政權作用下的控製係統，都隻能在變通甚至變易的情況下才有可能實施。所以，真正在鄉村中發生作用的組織係統呈多樣性特點，其名稱、規製、職能、分布狀況絕不會像章程擬定的保甲製度那樣規範齊整。“沒有任何東西比保甲製的準軍事準則更能清楚地說明規範的和記述實際的這兩者之間的差距：分層次的十進製編製機構並不反映中國社會中任何實際存在的可用數字表示的區劃，而是在劃分並控製社會的嚐試中強加給中國社會的。”③因此，在鄉村社會生活中，社會控製組織並不依賴於單一的保甲製。官方刻意推行的保甲製未必比依存於鄉村民俗、世情、宗教、血緣、習慣諸因素基礎上形成的民間控製係統更有活力，更為有效。這些多樣化的社會控製形式有鄉約、宗族、鄉社等。