1903年9月，清政府裁撤礦務鐵路總局，將所有路礦事務劃歸新成立的商部辦理。而商部作為清政府興辦實業的中央機構，在鐵路方麵的政策，基本上是在總局的基礎上加以改進的。
商部接辦路礦總局後，鐵路方麵所做的第一件事是重訂鐵路章程。商部認為，1898年路礦總局製訂的《礦務鐵路公共章程》存在許多缺陷，不能適應新的形勢，於是就在這一年的12月初，另行頒布《鐵路簡明章程》24條，宣布華洋官商稟請開辦鐵路均應按照本章程辦理，其有援引前定鐵路章程與現在相背者，概不準行。與《礦務鐵路公共章程》相比，該章程在不少地方有所改進，其中對洋商的限製就比原章程嚴密。如該章程規定，如有華洋商向各省督撫請辦鐵路者，應由該督撫查明此路確於中國商運有所裨益，且於現行章程不相違背者，方能谘會本部辦理。這就是說，洋商申辦鐵路，地方督撫如認為對中國商運無益，可不予批準。章程還規定，無論華商請辦鐵路附搭洋股，還是洋商請辦鐵路，均須由商部和外務部核準，如有華人與洋商私訂合同，以請辦之路抵借洋款，或於開辦後將該路工程私售於他人者，一經本部覺察，或由地方官查明，除將路工充公注銷全案外，且視案情輕重予以處罰。《鐵路簡明章程》對華洋在鐵路集資中的比例，也做了改變，不再允許華三洋七，明確規定集股總以華股獲占多數為主，洋股以不逾華股為限，並且不得在洋股之外另借洋款，如有違者，一經查實，隨時注銷撤辦。同時規定，洋商請辦鐵路，無論集股若幹，總須留出一半股額任華人隨時照價附股。①
商部代表清朝政府，力圖行使對借款官辦鐵路的監督權和管理權。1904年7月，商部責備各管路大臣，疏於職守，奏請清廷批準，谘令督辦鐵路大臣、關內外鐵路大臣、雲貴總督、江蘇巡撫、辦理潮汕鐵路候補京堂、兩湖總督、雲南巡撫，要求他們將曆年辦理鐵路情形，包括工程起止、各項出入用費、工程師及華洋員役人數、薪工職業等，造具圖冊，上報本部，“以期有利與興，有弊與革，其最要者莫如使鐵路公司早一日清償路款，即中國早一日收回路權”②。兩個月後，商部再次上奏，令各管路大臣逐年按季填造表譜圖冊呈報本部，如再遷延拒不執行者，則“由臣部據實奏明，用以副朝廷整飭百度之至意”③。同時經清廷批準，率先向盛宣懷的鐵路總公司開刀，派員會同盛宣懷調查他所辦路礦出入款項。④