1906年11月6日，清政府下令進行機構改革，將原六部中的工部並入商部，改為農工商部，同時另設郵傳部，專管船、路、電、郵四政。
郵傳部接管鐵路後，在統一路政方麵繼續執行商部政策，並在清朝政府加快中央集權步伐的背景下和袁世凱、唐紹儀、梁士詒等一批北洋官僚的強有力領導下，取得重大進展，在短短的一年時間裏便將各借款官辦鐵路置於郵傳部的集中統一管理之下。1906年12月，督辦關內外及津浦鐵路的袁世凱率先將兩路關防移送郵傳部。1907年1月，辦理京漢、滬寧鐵路的唐紹儀接著也將兩路關防移交到部。同年3月，唐紹儀又將京漢、滬寧、正太、汴洛、道清五路卷宗及盛宣懷原交卷宗一並移送郵傳部。與此同時，郵傳部也在部內設立管理借款官辦鐵路的專門機構。先是於1907年3月奏設提調處，任記名丞參梁士詒為提調，作為綜理借款官辦鐵路的臨時機構。同年12月，撤銷提調處，改設鐵路總局，梁士詒任局長，各借款官辦鐵路統歸管轄，由鐵路總局局長執行借款合同上督辦的職權，“所有借款公司各路華洋員均受節製”①。次年4月，郵傳部還專門飭令各路局隻能稱某某路局，不得再用“總局”字樣，以免混淆，澄清隸屬關係。②
郵傳部在完成對借款官辦鐵路的接管工作之後，還對它們進行了卓有成效的整頓。這方麵的措施主要有以下幾項。
第一，歸並職掌，裁汰冗員，尤其洋員，既可節約費用，又便暗中削弱洋人權力，培植本國鐵路人才。如郵傳部接管京漢鐵路後，即將洋總工程師及駐比利時13名洋員盡行裁撤，另解雇30名在鐵路上服務的洋員，裁去監工、柵頭等員役100名，部分工作改派華員充任，每年可省銀10萬元。③京奉鐵路整頓後，至1909年裁去華洋人員50餘名，將原路局內執事華洋員計分20處合並為一處，使所出費用比整頓前有所減少，1908年以前每年費用占進款的37%,整頓後隻占28%。①汴洛鐵路據1909年年底郵傳部具奏，共裁去洋員26名、華員23名，每年省銀52000兩。②