新政改革未能挽救清朝統治的另一個原因是，清政府在存在嚴重爭議的情況下啟動政治改革，實行預備立憲，這不但打亂了清末新政改革計劃，而且誘發和激化了清朝統治集團內部的權力鬥爭，並最終葬送了整個新政改革事業以及清朝的統治。
由於政治改革涉及權力的再分配，自預備立憲啟動以來，清朝統治集團內部在新政初期達成的大體比較一致的改革共識即趨瓦解，各派圍繞政治權力的再分配展開激烈鬥爭，政潮迭起，且愈演愈烈。1906年9月中央官製改革甫一啟動，袁世凱就有意借官製改革機會，裁撤軍機處，按照立憲國家成立責任內閣，由擁護他的政治盟友慶親王奕助出任國務總理，自己做副總理大臣，以此達到控製中央政府的目的。但此方案傳出後，立即遭到王文韶、鹿傳霖、瞿鴻機、醇親王載灃等官員的堅決反對，部院彈章蜂起，甚至慈禧太後本人也大為震怒，結果設立責任內閣的方案胎死腹中。1907年春、夏之間，東三省官製改革又直接導致清廷內部發生轟動朝野的“丁未政潮”。以岑春煊、瞿鴻機、林紹年為首的漢族官僚不滿直隸總督兼北洋大臣袁世凱勾結慶親王，借中央和地方官製改革之機擴充個人勢力，聯合禦史趙啟霖等人，以楊萃喜案參劾慶親王貪庸誤國，引用非人，親貴弄權，賄賂公行，結果導致袁世凱的親信、黑龍江巡撫段芝貴遭撤職、查辦，慶親王之子載振被免去農工商部尚書一職。袁世凱和慶親王聯手部署反擊，先以廣東有革命黨人起事為由，將岑春煊排擠出京，由郵傳部尚書調任兩廣總督，繼又賄買禦史惲毓鼎，參劾軍機大臣瞿鴻襪“暗通報館，授意言官，陰結外援，分布黨羽”,致使瞿鴻機遭革職，後又設計誣陷岑春煊結交康梁二人、密謀推翻朝局，致使岑春煊再遭開缺；同時，林紹年也被趕出軍機處，出任河南巡撫。