盡管奈恩唯物史觀的民族主義理論在西方左翼中是引人注目的和影響深遠的，但是我們必須看到這一理論本身有其客觀局限性和主觀片麵性。
第一，動態感極強導致其理論框架前後矛盾。奈恩是一位比較有動態感的理論家，其他理論家往往說了一個道理之後就不停地重複自己，但奈恩的理論覆蓋麵比較廣，內部也有比較多的變化。這種動態性雖然使得奈恩的思想總是保持著高度的新鮮感和時代性，但也有很大的不穩定性和矛盾性。隨著各種曆史事件的上演，奈恩的思想理論也隨之頻頻變色，這使得他自身的民族主義思想框架出現了某些矛盾。比如，一直以來，奈恩都站在現代主義的立場堅定地反對原生主義的民族主義，而在《民族主義的麵孔》一書中，他從基因、遺傳學、人性等方麵來辯護民族主義，希望“建立一個更合理的生物學和親屬之間的聯係”①。相較奈恩之前的人類不應被區別對待，民族和民族主義等是現代產物的認識，我們可以看出他對原生主義做出了一些讓步。
第二，後期對馬克思主義的遠離導致其理論的局限性和片麵性。早期和中期的奈恩是一個不折不扣的葛蘭西式的馬克思主義者，他從馬克思的曆史唯物主義範疇出發，探討了曆史運動的主體問題，分析了民族與階級的地位，以及不同階級的曆史作用，並運用馬克思主義的“資本的不均衡發展”定律來解釋蘇格蘭民族主義之興起並預測聯合王國之崩解。然而，隨著蘇聯的解體，奈恩的馬克思主義立場發生了動搖，這也使得他之後的思想逐漸走向了修正、局限和片麵。比如，以前他認為社會主義的民族主義是實現自由、解放的路徑，而在麵對1989年社會主義陣營的瓦解，以及接下來福山的曆史終結論時，他則收縮了對社會主義的論述，不得不說這一轉變是一種倒退和妥協，表現出了奈恩作為知識分子的軟弱。