明代除少數民族與漢族之間有著廣泛的文化交流外，各少數民族之間也經常進行各式各樣的文化交流。
一、藏傳佛教對蒙古、滿、納西等族文化的影響
元代自八思巴起，藏傳佛教中薩迦派的曆代傳人都為元室帝師，藏傳佛教流傳很廣。藏族也與蒙古族建立了更親密的關係。洪武元年（1368年）元室北遷後，藏傳佛教在蒙古地區的影響仍然很大。在各種史籍記載中，隨處都能找到藏傳佛教喇嘛活動的影子。如洪武七年（1374年），駐和林的北元國師朵兒隻怯烈失思巴藏卜，曾遣其講主汝奴汪叔至明朝進表，獻銅佛、舍利、白哈丹布（哈達）以及元所授玉印、圖書等物。[140]
為了和明朝爭奪西域地區，蒙古族各部首領不斷向藏族聚居區擴張勢力，又增加了其與藏族和藏傳佛教接觸的機會。據《阿勒坦汗傳》記載，嘉靖三十七年（1558年）俺答汗征討殘敵，途中俘虜眾多土伯特即青海藏族商人，心發慈悲就地釋放了一千名喇嘛。俺答汗的侄孫庫圖克台徹辰洪台吉（明譯切盡黃台吉）更是皈依佛教，成為“兼通番、漢、佛經”，“博通內典”的著名佛學家。[141]他曾勸說俺答汗迎請西藏黃教首領索南嘉措來蒙古族地區傳教。
黃教，是藏傳佛教中格魯派的俗稱，創始人為宗喀巴。因格魯派喇嘛戴黃帽、著黃衣，故稱黃教。15世紀，格魯派在西藏迅速崛起，標誌著藏傳佛教發展到了一個新階段。它集以往各教派組織製度之大成，形成了最完備、最典型的藏傳佛教的寺院僧侶組織製度。其代表性的寺院有拉薩三大寺（甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺）、日喀則的紮什倫布寺、青海的塔爾寺和甘肅的拉卜楞寺。
隆慶五年（1571年），俺答汗首次接觸黃教，就“懷念向往，晝不能忘而夜不成眠”。萬曆二年（1574年），俺答汗派使者前往西藏迎請索南嘉措。萬曆六年（1578年），索南嘉措經過千裏跋涉，到達青海湖濱，並在青海湖畔的察卜齊雅勒廟（即仰華寺）與俺答汗會晤。當時，“漢人、土伯特、蒙古、衛果爾（畏兀兒）、喇嘛等聚集十萬餘人”[142]，目睹了這次曆史性的會見。俺答汗贈與索南嘉措“聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛”的尊號，西藏黃教寺院集團的上層僧侶立即將索南嘉措定為第三世達賴喇嘛。為保證黃教在蒙古地區的傳播，雙方在會見中還宣布了一係列命令。這次會見，還有一大批蒙古貴族由三世達賴喇嘛剃度為僧。據《阿勒坦汗傳》記載，蒙古貴族中有108人成為班第（小喇嘛）、脫因（和尚）。