明代是白蓮教為主流的民間秘密宗教發展成熟時期，它具備了一種宗教生存與發展所必需的一切條件，掌握了幾乎一切與封建統治進行鬥爭的手段與藝術，其存在的意義早已超越了宗教的範疇。
一、明朝統治者的心腹之患
明代的白蓮教從淵源上講始自南宋初年。創建者是宋高宗時吳郡的僧人茅子元。茅子元始創的白蓮宗是佛教的一支，其教義融合了佛教天台宗的識法和淨土宗的彌陀念佛，提倡五戒（不殺、不盜、不邪**、不妄語、不飲酒）。白蓮宗的教徒有家室，男女一起集會，吃素念佛，深受民眾歡迎，迅速發展壯大，因而引起佛教正統與南宋朝廷的恐慌，遭到嚴厲查禁。茅子元被判妖妄惑眾之罪，流放江州（今江西九江），白蓮懺堂被取締。
元朝建立後，白蓮教仍被視為“異端”、“邪教”而遭朝廷禁止。元世祖時曾頒布法令，取締包括白蓮教在內的“一切左道亂正之術”[54]。元仁宗在皇慶二年（1313年）下詔，允許白蓮教公開傳教；對於建寧路的白蓮堂及其所屬的一切寺領財產，特許其免稅免役。但是好景不長，元英宗至治二年（1322年），又下詔禁白蓮佛事，從此白蓮教就再也沒有得到官方的認可。
元代的白蓮教的教義中滲入了其他宗教觀念，主要是彌勒降生說，後逐漸轉為崇奉彌勒佛。元朝末年，各種社會矛盾日趨尖銳化，白蓮教不僅成為農民起義的一麵旗幟，更成為發動與組織起義的主體。元泰定二年（1325年），河南息州民趙醜廝、郭菩薩“妖言彌勒佛當有天下”[55]，率眾起事。元順帝至元三年（1337年），汝寧信陽州的俸胡以彌勒佛降生相號召，“燒香惑眾，妄造妖言作亂”[56]，持彌勒佛小旗為號，攻城略地，建立政權。元朝廷派重兵鎮壓，起義終告失敗。