魏晉南北朝時期，隨著宗教的迅速發展，反對宗教有神論的鬥爭也隨之發展，無神論者與有神論者展開了激烈的爭論。爭論的對象以佛教為主，爭論的焦點則集中在神滅與神不滅這一核心問題。神不滅論是佛教宣揚的因果報應和輪回說賴以存在的基礎，神滅論則是無神論者反對佛教及鬼神迷信的依據。從魏晉到南北朝，這一爭論一直沒有停止過，其激烈程度不亞於佛道之爭，而其積極意義則遠勝於佛道之爭。
一、魏晉時期的無神論與有神論之爭
魏晉時期，在佛、道二教伴隨著尖銳的社會矛盾而發展起來的同時，一批具有無神論思想的知識分子也紛紛撰文著論，與有神論者展開辯論。其中著名的有曹植、阮瞻、阮修、孫盛、戴逵等。
曹植，字子建，曹操之子，長於詩文，曾著《辨道論》，對道教神仙方術進行了尖銳的批判。其觀點主要有二：
（一）人之生死是自然之理，成仙之說是欺眾惑民
曹植認為，人的身體強弱，壽命長短，因人而異。善於保養者身體強健，壽命較長；辛勞過度者則身體虛弱，壽命就短。但不論壽命長短，人必有一死，這是客觀規律。而道教方士所說服藥煉丹，長生不死純是**百姓的虛妄之言。他曾與方士當麵辯論。一位方士吹噓說，取兩條活鯉魚，一條塗上藥，另一條不塗，同時放入沸水之中，有藥者奮尾鼓鰓，沉浮遊動，就像在水中一樣，而另一條則一下就煮熟了，以此說明服藥之靈驗。曹植要方士當場試驗，方士不敢，搪塞一番，騙局被揭穿。曹植還指出，欲成仙者其實都無好結果，秦始皇死於沙丘，漢武帝崩於五柞。慫恿成仙的方士也都落了個誅其身、滅其族的下場。可見，方士道徒實為騙子，成仙長生從無實證。
（二）災異發生與鬼神無關