在玄學及佛、道神學等唯心主義思潮盛行的同時，唯物論思想並未卻步不前。相反，與自然科學發展同步，在魏晉南北朝時期的哲學論壇上，唯物論思想以戰鬥者的姿態，在宇宙的物質性、人與自然的關係、形神關係等不同層麵與唯心主義和宗教神學展開了激烈的論爭，為中國古代唯物論思想的發展做出了重要貢獻。
一、楊泉的《物理論》
楊泉，字德淵，三國時吳國人，因史書無傳，其家庭身世與生平均難以查考。楊泉終生未入仕途，西晉平吳後，會稽相朱則曾上書晉武帝，力薦楊泉，晉武帝嘉其為人和學識，拜為郎中，但楊泉辭不赴任。楊泉一生著述頗豐，惜多已亡佚，《物理論》16卷是他的代表作，集中反映了他的唯物主義思想。
魏晉南北朝時期的唯心論思想在宇宙本體論上，堅持認為在現實世界、具體萬物之上還有一個更為根本的本體，這個本體無法接觸，不能感知，甚至難以以一般的認識方法去認識它，隻能以神秘主義的直觀去體會它，但它卻是萬有之本，王弼、何晏等所說的“無”就是這樣一個本體。楊泉對此進行了尖銳的批判，認為宇宙是實有，提出了元氣自然的本體論。
楊泉用“元氣”來解釋宇宙和自然界的各種物體及現象。他認為，整個浩瀚無垠的宇宙都是由元氣構成的，天上的星星等天體就是由元氣的精華部分構成的。不僅宇宙天體充溢著元氣，地上的萬物也是由元氣所構成。由於氣有清濁之分，陰陽之別，所以就構成了不同的事物。氣之清者上升，構成天體；氣之濁者下沉，構成地麵上的萬物。越是重濁的東西，它所凝固的氣就越多，石頭比土重，就因為土中含的氣比較疏鬆。而氣分陰陽，則導致了天體和萬物的運動變化，即自然本身陰陽兩氣的對立和相互作用促使事物發生各種不同的運動變化。由於萬物都是由氣構成的，所以這種運動變化不是由於外力的推動，而是事物內部產生的。楊泉還用元氣來闡釋人體，認為人含氣而生，生命隻是氣的一種表現，氣聚而生，氣散則死，人死而靈魂滅，與薪盡火滅是同樣的道理。這樣，楊泉就把人同自然界的物質性統一了起來，人也是物質的，是自然的產物，並不是神的創造物。形亡神滅，並不存在著脫離肉體而存在的靈魂。