魏晉南北朝時期，南北長期分裂，政權更替頻繁，戰亂不息，再加上不時發生的水旱災害，造成癘疫空前流行。正是在這種情況下，許多以救死扶傷為己任的名醫，孜孜不倦地收集整理醫學文獻和民間治病用藥的寶貴經驗，同時又有所創新，從而推動了醫藥學的長足進步。這一時期，不但名醫輩出，而且由於統治者的重視，醫事製度也較秦漢時期更加完備。
一、外科鼻祖華佗
華佗，一名旉，字元化，沛國譙（今安徽省亳縣）人，史書中沒有記載其生卒年代，隻說他“年且百歲而猶有壯容，時人以為仙”[29]。華佗大約生活在漢衝帝永嘉元年（145年）到漢獻帝建安十三年（208年）間，曾遊學徐州，通曉各種經書，喜愛醫術和養生之學。他一生致力於醫療實踐，對內、外、婦、兒等各科均有很高的造詣，在疾病的診斷、治療和體育保健等方麵都有卓越的成就。尤其值得稱道的是，他是世界上第一個應用全身麻醉進行腹腔手術的醫生，堪稱外科鼻祖。華佗一生曾為許多人施行過手術。《三國誌·魏誌·方技傳》載，華佗行醫，“當須刳割者，便飲其麻沸散……因破取。病若在腸中，便斷腸湔洗，縫腹膏摩，四五日差，不痛，人亦不自寤，一月之間，即平複矣”。為了減輕和消除病人的劇烈疼痛，使手術能夠順利進行和取得良好的效果，華佗在總結前人經驗的基礎上，並結合對酒醉現象的觀察，發明了麻醉術。《後漢書·華佗傳》記載華佗“乃令（病人）先以酒服麻沸散，即醉無所覺”。可見其麻醉效果還是不錯的。麻醉術的發明使原本難以進行的大型外科手術成為可能，從而擴大了外科手術治療的範圍，為人類戰勝疾病和痛苦提供了新的手段，對世界醫藥的發展有著重大的貢獻。麻沸散的藥方雖早已失傳，但這種思想卻深深影響了後代醫家。宋人竇材的《扁鵲心書》中記有睡聖散可做麻醉之用，元代危亦林用草烏散解決骨傷科複位時的疼痛問題，這種方法無疑要比西方早期所用的機械性壓迫、單純飲酒、放血的方法進步得多。