晚清時期，由於受到社會變革的影響，中國學術亦處於變化之中。大致來說，從嘉道年間到中日甲午戰爭前夕，是傳統儒學繼續發展，並不斷調整其內部構成，以應付所麵臨的內外挑戰和危機的時期。在此期，漢學雖然走向衰落，但仍保持著一定的規模，今文經學、經世之學、諸子學及程朱理學的複興，漢宋合流的出現等，都是中國傳統學術自我調整的重要表現。鴉片戰爭後，傳入中國的西學亦對傳統學術產生衝擊。最初被儒學接納的是西方近代自然科學，形成了“中學為體，西學為用”的學術新格局。
從中日甲午戰爭後到清朝垮台，是中國傳統學術走向衰落，近代新學術形成的時期。科舉被廢除，四書五經被冷落，使孔孟儒學的地位從根本上動搖。經過維新運動洗禮的新型知識分子用新的學術思想反對傳統儒學。這種反對表現為兩種方式：一是改良派康有為等人用經過改造的今文經學反對古文經學，發生了今古文經之爭。另一是革命派公開批評儒學。與此同時，因受西方人文科學的影響，近代新學術開始形成，諸如哲學、政治學、社會學、倫理學、經濟學、邏輯學等應運而生，給中國學術領域帶來了新氣象，打上了新時代的烙印。
晚清學術變化大，頭緒多，並不是一章的篇幅所能說清楚的。本章隻就晚清時期的漢學、宋學、今文經學、諸子學等幾個方麵大要而論。至於在此期興起的新學科，包括近代自然科學和社會科學，在本書的第四章、第十四章已有所涉及，茲不贅述。