基督教是奉耶穌基督為救世主的宗教，包括天主教、東正教和基督新教以及一些較小的派別。基督教的一派別曾於唐初傳入我國，稱為景教；又一個派別元代時傳入中國，稱可裏可溫教，兩者都中斷。天主教曾先後於元代和明末傳入，特別是在明末清初之際，隨著西洋天主教傳教士的東來，在宣揚基督教教義的同時，也傳播了西方的科學技術，促進了中西文化的交流和發展。作為羅馬東正教的分支俄羅斯東正教，則是伴隨著沙皇殖民者對華的侵略，而進入中國的。基督新派是在鴉片戰爭前後陸續傳到中國的。它們在清代宗教史上占有重要地位。
一、天主教
西方基督教最先來華的是天主教。明清之際，西方的天主教在歐洲失勢後，便重整旗鼓，企圖到東方發展宗教勢力，以適應資本主義原始積累的需要，為資本主義列強尋找殖民地服務。這一時期，首批到達北京的天主教耶穌會士是意大利人利瑪竇，接著是德國人湯若望、比利時人南懷仁。天主教士來華後，在北京及內地各省以介紹西洋先進的科學技術為手段，以允許入教者保持中國傳統的“祭孔祀祖”習俗為誘餌，廣泛接觸官僚士大夫階層和平民百姓，甚至滲入到朝廷，發展了不少教徒，建立了一些天主教堂。清初統治者為了利用西洋科學技術和知識，因此對天主教采取保護、利用的政策。
順治元年（1644年），清兵剛剛入京，被羅馬天主教會任命為北京教區的負責人湯若望，就連續上疏清廷，提出“舊法曆本大謬七條”[53]，希望按西洋新法製定《崇禎曆書》，又說他的天主教是以勸人忠君、孝親、貞廉、守法為本的，自稱願為新朝曆法修撰工作服務。七月，多爾袞決定采用湯若望按西法所修的新曆，定名為《時憲曆》。順治二年起，此曆頒行天下，開始實行。十一月，順治帝任命湯若望為欽天監監正。順治三年（1646年），清廷為了嘉獎湯若望製定新曆法的功勞，封他為太常寺少卿銜。“這樣，他便由原來曆局聘請的專家，成了朝廷命官，開創了西洋傳教士直接掌管欽天監的先例。”[54]這表明西方天主教的勢力已開始滲入清廷內部。