（一）建立縱橫交錯、相輔相成的教育科研組織結構
中國的教育科學研究，業已形成縱橫交錯、多類型多層次的組織結構，體現了教育科學研究從實踐中來、到實踐中去的思想路線，形成了具有中國特色的教育科學研究組織管理體係。
從縱向的組織管理結構看，可分為全國、省（自治區、直轄市）、市（區）、縣、校5層。
1978年成立的全國教育科學規劃領導小組，負責管理全國教育科學規劃工作，其職責包括：組織規劃及年度課題指南的製定工作，管理和籌措課題研究經費，製定課題管理辦法及相關規定，組織各類課題的評審、檢查、鑒定工作，指導委托機構的管理工作，編發教育科學規劃工作簡報，組織課題成果傳播、交流和推廣活動，舉辦學術研討活動，組織優秀成果和先進管理單位的評選、獎勵工作。全國教育科學規劃辦公室在全國教育科學規劃領導小組的領導下，已先後組織、製定和實施了全國教育科學“六五”至“十一五”規劃，匯編出版了規劃重點課題成果公報，並於1989年、1999年、2006年和2011年組織開展了4屆全國教育科學優秀成果評獎活動。
從1983年開始，以北京市為開端，已有29個省（自治區、直轄市）相繼設立了教育科學規劃機構，中國教育科學研究已形成組織化的製度體係。全國各省、自治區、直轄市所屬的教育科學研究院（所），在領導體製上有三種形式：獨立設院，由教育廳（局）領導；附設在高等師範院校或教育學院，由廳（局）和院校雙重領導；附設在教育廳（局）內。它們的任務側重於應用方麵的教育科學研究並以研究本地區教育工作的實際問題為主。
市（區）縣教育教學研究室（簡稱教研室）作為基層的教學業務管理部門，在市（區）縣教育行政部門領導下，承擔著本地區基礎教育教學業務工作的管理和指導職能。教研室製度始於1956年，側重於基礎教育課程研究和教學指導工作。教研室是地方教育行政部門設置的承擔中小學、幼兒園教學研究和學科教學業務管理的常設事業機構，其主要職能有教學研究、教學管理、教學指導、教學改革和教材建設等。